Theo đó, tại khoản 2 Điều 2 Luật Thuế XK, thuế NK quy định, hàng hóa XK từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa NK từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế.

Cũng tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế XK, thuế NK quy định quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ XNK.

Ngoài ra, tại Điều 4 Luật Thuế GTGT và điểm c khoản 3 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP cũng quy định cụ thể về người nộp thuế và hồ sơ khai thuế; Điều 30 Nghị định 82/2018/NĐ-CP quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế; khoản 1 Điều 3 Nghị định 09/2021/NĐ-CP; điểm b khoản 1 Điều 74 và khoản 1 Điều 78 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 50 và khoản 54 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC cũng nêu rõ.

Đặc biệt, tại Điều 9, 16 và 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định đối tượng được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0% cũng như điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ XK và tổ chức thu thuế GTGT.

Chi cục Hải quan Ninh Bình (Cục Hải quan Hà Nam Ninh) cử công chức trực tiếp xuống DN nắm bắt tình hình hoạt động và xử lý các vướng mắc phát sinh. Ảnh: H.Nụ

Đối chiếu với các quy định hiện hành và trên cơ sở kết quả thanh tra của Cục Hải quan Hà Nam Ninh tại trụ sở Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group (Việt Nam), Tổng cục Hải quan giao Cục Hải quan Hà Nam Ninh thực hiện một số quy định cụ thể.

Theo Tổng cục Hải quan, quy định tại pháp luật về thuế GTGT về quản lý thuế thì DN chế xuất không phải là người nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, trên hệ thống kê khai của cơ quan Thuế, Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group đã nộp tờ khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và là người nộp thuế GTGT từ quý 4/2020.

Do đó, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan Hà Nam Ninh kiểm tra, làm rõ thông tin trong thời gian từ khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu (là DN chế xuất) đến khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần thứ nhất (chuyển đổi từ loại hình DN chế xuất sang DN không hưởng chế độ chính sách DN chế xuất)- giai đoạn từ ngày 16/12/2019 đến ngày 26/8/2021, Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group đã được xác nhận đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định hoặc có cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan để được hưởng chính sách thuế đối với DN chế xuất hay không, trên cơ sở đó áp dụng chính sách thuế theo đúng quy định.

Đối với dịch vụ xây dựng, lắp đặt trong khu phi thuế không (không bao gồm hàng hóa là máy móc, thiết bị điện và máy móc, thiết bị công nghệ để thi công xây dựng nhà máy), Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan Hà Nam Ninh chuyển thông tin cho cơ quan Thuế nội địa để xác định chính sách thuế GTGT theo quy định do cơ quan Hải quan chỉ chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa NK (không quản lý thuế GTGT đối với dịch vụ).

Hàng hóa là vật liệu xây dựng mua từ nội địa để xây dựng công trình của DN chế xuất, DN được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan. Tuy nhiên, để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, hàng hóa phải có tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 16 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Trường hợp hàng hóa không phải là vật liệu xây dựng, mua từ nội địa để xây dựng công trình của DN chế xuất phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% theo quy định tại Điều 9, 16 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Tổng cục Hải quan nhấn mạnh, trường hợp Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group (Việt Nam) có phát sinh tài sản, hàng hóa NK để thực hiện hoạt động chế xuất, Cục Hải quan Hà Nam Ninh căn cứ quy định tại Điều 78 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 54 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC để xử lý đối với tài sản, hàng hóa có nguồn gốc NK chưa nộp thuế còn tồn kho khi DN chuyển đổi loại hình từ DN chế xuất thành DN không hưởng chính sách DN chế xuất. Đồng thời, áp dụng chính sách thuế theo đúng quy định của pháp luật về thuế tương ứng với thủ tục hải quan áp dụng đối với số tài sản, hàng hóa này.