Thông tư quy định, Quỹ BVMT Việt Nam là tổ chức tài chính Nhà nước trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, hoạt động không vì mục đích lợi nhuận nhưng phải bảo toàn vốn điều lệ và tự bù đắp chi phí quản lý, được miễn nộp thuế và các khoản nộp ngân sách Nhà nước đối với hoạt động trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật về thuế và pháp luật về ngân sách nhà nước.

Quỹ BVMT Việt Nam hoạt động công khai, minh bạch và bình đẳng theo quy định của pháp luật, đồng thời chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính bởi cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán Nhà nước.

Hội đồng quản lý, Ban Kiểm soát, Giám đốc Quỹ chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước các cơ quan quản lý nhà nước về việc quản lý an toàn vốn và tài sản của Quỹ, đảm bảo việc sử dụng vốn đúng mục đích, tiết kiệm, có hiệu quả, và chấp hành các chế độ quản lý tài chính, kế toán, kiểm toán.

Bên cạnh đó, trong Thông tư, Bộ Tài chính cũng quy định, vốn điều lệ của Quỹ BVMT Việt Nam đến năm 2017 là 1 nghìn tỷ đồng. Số vốn này được cấp bổ sung theo lộ trình được nêu tại khoản 1 Điều 7 Quyết định số 78/2014/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về tổ chức và hoạt động của Quỹ BVMT Việt Nam.

Thông tư cũng quy định Quỹ BVMT Việt Nam được sử dụng vốn để cho vay vốn với lãi suất ưu đãi đối với các dự án bảo vệ môi trường trên phạm vi toàn quốc; hỗ trợ lãi suất vay vốn cho các dự án bảo vệ môi trường vay vốn từ các tổ chức tín dụng theo quy định của pháp luật...

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1-1-2016 và thay thế Thông tư số 93/2003/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chế độ quản lý tài chính đối với Quỹ BVMT Việt Nam.