Công chức Chi cục Hải quan Bắc Ninh làm thủ tục cho doanh nghiệp. Ảnh: T.TRANG.

Một DN hỏi: Hàng hóa đã XK trên các tờ khai XK phát sinh từ 1/7/2016 đến thời điểm 31/1/2018 có được chuyển kê khai khấu trừ số thuế GTGT đã nộp này lên tờ khai thuế GTGT tại kỳ hiện tại hay không? Số thuế GTGT đã nộp này có được xét hoàn thuế GTGT cho hàng hóa XK trong kỳ đã kê khai không?

Tổng cục Hải quan cho biết, đối với tờ khai XK trước ngày 1/7/2016, trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan nhưng chưa được cơ quan Thuế hoàn (hoặc đã nộp NSNN số tiền thuế thu hồi theo quyết định truy thu của cơ quan Thuế) thì cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

Người nộp thuế đã nộp thuế GTGT đối với hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan, số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Thuế hoàn thì cơ quan Thuế không thực hiện thu hồi số tiền thuế GTGT đã hoàn.

Trường hợp người nộp thuế đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK với cơ quan Thuế nhưng chưa được hoàn thì cơ quan Thuế hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh lại số thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK và không tính tiền chậm nộp trong trường hợp kê khai điều chỉnh giảm với cơ quan Thuế số thuế GTGT đầu vào đã nộp tại khâu NK.

Theo Tổng cục Hải quan, người nộp thuế chủ động rà soát số thuế GTGT của hàng hóa NK để sản xuất XK đã kê khai thuế GTGT đầu vào khâu NK với cơ quan Thuế, số thuế GTGT đã được cơ quan Thuế ban hành quyết định hoàn thuế, số thuế GTGT đã nộp theo quyết định thu hồi hoàn của cơ quan Thuế, tổng hợp chi tiết đề nghị cơ quan Hải quan hoàn thuế GTGT theo trường hợp hoàn nộp thừa thuế GTGT tại khâu NK.

Tổng cục Hải quan nhấn mạnh, trên cơ sở kiến nghị của người nộp thuế, cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan phối hợp với người nộp thuế để xác định chi tiết theo từng tờ khai NK về số tiền thuế GTGT đã nộp cho cơ quan Hải quan; số thuế thuế GTGT đã được cơ quan Thuế hoàn, số tiền thuế GTGT còn lại chưa được hoàn; số tiền thuế GTGT đề nghị cơ quan Hải quan tiếp tục hoàn.

Đối với các tờ khai XK phát sinh từ 1/7/2016 trở đi, việc xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa NK sau đó XK (bao gồm cả hàng hóa NK để sản xuất XK) thực hiện theo Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế; Nghị định 100/2016/NĐ-CP và Thông tư 130/2016/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn, bổ sung.

Công ty TNHH Samwooems Vina thắc mắc, DN mua nguyên vật liệu về sản xuất sản phẩm (loại hình A12) đã nộp thuế GTGT ở khâu NK. Sau khi nhận hàng, DN thấy có một số lượng nguyên vật liệu bị lỗi hỏng và tiến hành tái xuất trả lại bên bán hàng (xuất loại hình B13). Do đó, DN hỏi phần thuế GTGT của phần nguyên liệu lỗi hỏng tái xuất đã trả lại sẽ được xử lý như thế nào?

Theo Tổng cục Hải quan, tại Điểm a, Khoản 1, Điều 49 Thông tư 38/2015/TT- BTC của Bộ Tài chính quy định về tiến thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa gồm trường hợp: “Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (bao gồm cả thuế GTGT đã nộp đối với hàng hóa đã NK nhưng tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thức ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan; hàng hóa đã XK nhưng NK trở lại Việt Nam; hàng hóa NK để sản xuất hàng hóa XK đã nộp thuế GTGT theo quy định, sau đó đã XK sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế khác nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền đó khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế. Trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại Khoản 2, Điều 111 Luật Quản lý thuế”.

Như vậy, đối với trường hợp DN đã nộp thuế GTGT đối với hàng NK nhưng sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài trước ngày 1/7/2016 thì thực hiện theo quy định tại Khoản 1, Điều 49 Thông tư 38/2015/TT- BTC.

Trường hợp DN đã nộp thuế GTGT đối với hàng NK nhưng sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài từ ngày 1/7/2016 đến 31/1/2018 thì thực hiện theo Khoản 3, Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC. Trường hợp DN đã nộp thuế GTGT đối với hàng NK nhưng sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài phát sinh từ 1/2/2018 thì thực hiện theo quy định tại Điều 2 Thông tư 25/2018/TT-BTC ngày 16/3/2018 của Bộ Tài chính. Do đó, Tổng cục Hải quan đề nghị DN nghiên cứu quy định nêu trên để thực hiện.