Khi Agoda hay Booking bước chân vào thị trường Việt Nam, quy mô hoạt động những trang mạng này tại nước ta còn nhỏ nên cơ quan Thuế không quan tâm. Đến thời điểm này “miếng bánh” đã lớn thì việc kiểm soát hầu như vượt ra khỏi tay cơ quan Thuế. Biện pháp có thể dùng đến là thuế nhà thầu, trong đó cơ quan Thuế có thể khoán, thu hộ đối với các đối tác của Agoda tại Việt Nam. Tuy nhiên, thực tế khoản thuế nhà thầu mà cơ quan Thuế thu được không phải do các "ông lớn" nước ngoài nộp mà chính doanh nghiệp Việt Nam đóng. Đây là điều rất bất hợp lý, dẫn đến cạnh tranh không lành mạnh và gây bất bình đẳng trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Trong khi các doanh nghiệp trong nước đang loay hoay vừa tìm cách để phát triển vừa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế thì những doanh nghiệp nước ngoài với nền tảng kinh doanh lớn mạnh sẵn lại ung dung ngồi hưởng lợi và từ chối thực hiện nghĩa vụ tại Việt Nam.

Nguyên nhân dẫn đến việc thất thoát hàng nghìn tỷ đồng thuế là do những đơn vị này chưa thành lập doanh nghiệp tại Việt Nam mà chỉ có văn phòng đại diện nên cơ quan Thuế chưa hiểu hết được cơ chế hoạt động và khó để lần theo dấu vết. Tuy nhiên cũng phải thừa nhận nguyên nhân chủ yếu từ việc chính sách thuế của chúng ta có nhiều điểm hở, bị các đơn vị nước ngoài tận dụng để "lách".

Hiện cơ quan quản lý đang ráo riết theo dõi, tìm hiểu cách thức thanh toán để có thể nắm được “tóc” Agoda, Booking cũng như các trang mạng kinh doanh dịch vụ trực tuyến nước ngoài khác. Tuy nhiên phải thừa nhận Luật Quản lý thuế còn “lạc hậu” so với sự phát triển của công nghệ nên dù đã tìm nhiều cách nhưng thu thuế những “ông lớn” này không hề đơn giản. Một chuyên gia kinh tế cho rằng, nếu có một chế tài đủ mạnh, cơ quan Thuế thậm chí có thể phong tỏa lệnh chuyển tiền từ Việt Nam đến những tài khoản công ty nước ngoài. Nếu có cơ chế và không ngại “đụng chạm” đến các Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần đã được kí kết từ trước, các nhà quản lý cũng không phải đau đầu tìm cách hài hòa lợi ích đôi bên mà mạnh tay siết chặt quản lý. Hiện tay, cơ chế đang thiếu và yếu nên không có cách nào khác các cơ quan chức năng phải cùng “nắm tay” để tìm cách quản lý. Không những phải sửa luật mà còn phải đổi mới cơ chế phối hợp để có thể quản lý sát sao nhất với hình thức kinh doanh mới mẻ nhưng đầy béo bở này.