Theo nhận xét chung của các doanh nghiệp đã triển khai, cung cấp và tư vấn sử dụng HĐĐT, việc sử dụng HĐĐT không mất nhiều thời gian thực hiện, không nhiều thủ tục rườm rà, không tốn giấy mực, không mất phí vận chuyển… HĐĐT đã và đang tiết kiệm hàng tỷ đồng cho doanh nghiệp mỗi năm.

Với việc HĐĐT dần thay thế vị trí của hóa đơn giấy trong giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ, công tác quản trị của doanh nghiệp cũng như quản lý của cơ quan Thuế cũng theo đó thay đổi theo hướng hiện đại hóa trên cơ sở áp dụng công nghệ thông tin để thu thập, tổng hợp, báo cáo dữ liệu từ HĐĐT thay vì các phương pháp thủ công như sử dụng hóa đơn giấy.

Ngoài những lợi ích trên, việc sử dụng HĐĐT còn giúp ngành Thuế xây dựng cơ sở dữ liệu về hóa đơn, từ đó có thể phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra, hoàn thuế, phân tích rủi ro DN, cá nhân kinh doanh. Bên cạnh đó, HĐĐT còn giúp cơ quan Hải quan tại các cửa khẩu, sân bay nhanh chóng có thông tin để thực hiện hoàn thuế ngay và các cơ quan khác của nhà nước không tốn chi phí thời gian đối chiếu hóa đơn như hiện nay.

Tuy nhiên, cũng phải thừa nhận rằng, để triển khai HĐĐT trên diện rộng vẫn còn gặp không ít khó khăn. Thực tế cho thấy, trình độ khoa học kỹ thuật của một số DN, nhất là DN nhỏ và các hộ kinh doanh cá thể còn nhiều hạn chế. Nếu áp dụng “đại trà” sẽ gây ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động kinh doanh của một số đối tượng. Do vậy, để tránh những “cú sốc” vẫn cần đến chính sách hỗ trợ của cơ quan Thuế sao cho hợp lý để có thể phát huy tối đa hiệu quả sử dụng của loại hình hóa đơn này.