Trước vướng mắc của Cục Hải quan Đồng Nai, theo Tổng cục Hải quan, thủ tục hải quan đối với trường hợp DN chế xuất bán hàng vào nội địa thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 35 Nghị định 08/2015/NĐ-CP; khoản 2 Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 51 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC; Điều 86 Thông tư 38/2018/TT- BTC.

Đối với chính sách thuế GTGT, khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 quy định: “Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu NK” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Công chức Hải quan Đồng Nai giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu. Ảnh: N.H

Khoản 1 Điều 3 Nghị định 209/2013/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP quy định đối tượng không chịu thuế GTGT: “Đối với các sản phẩm quy định tại khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác”.

Khoản 1 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định đối tượng không chịu thuế GTGT: “Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu NK. Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khi sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác”.

Ngoài ra, tại khoản 5 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định: “Thuế suất thuế GTGT 5% đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế, bảo quản (hình thức sơ chế, bảo quản theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 4 Thông tư này) ở khâu kinh doanh thương mại, trừ các trường hợp hướng dẫn tại khoản 5 Điều 5 Thông tư này”.

Điều 11 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định: “Phế liệu, phế phẩm được thu hồi để tái chế, sử dụng lại khi bán ra áp dụng mức thuế suất thuế GTGT theo thuế suất của mặt hàng phế liệu, phế phẩm bán ra”.

Theo đó, Tổng cục Hải quan cho rằng sản phẩm trồng trọt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu NK thuộc đối tượng không chịu thuế; ở khâu kinh doanh thương mại áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.

Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan Đồng Nai căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC và hàng hóa thực tế NK, hồ sơ khai báo của DN, tài liệu kỹ thuật, quy trình sản xuất của sản phẩm... để xác định sản phẩm trồng trọt mới qua sơ chế thông thường hay đã qua chế biến để xác định thuế GTGT đúng quy định.