Quy trình xử lý kiểm tra sau hoàn thuế
	Được hoàn trả số tiền thuế nộp thừa khi không còn nợ các khoản thuế
	Tăng cường rà soát hồ sơ, trường hợp hoàn thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa

Theo Tổng cục Hải quan, điểm g khoản 1 Điều 26 chương 9 Quyết định số 3394/QĐ TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc kiểm tra hồ sơ quy định: “Trường hợp hoàn thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp, cơ quan Hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan Thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế. Cơ quan Hải quan có văn bản gửi cho cơ quan Thuế địa phương nơi quản lý doanh nghiệp đề nghị cung cấp thông tin, số liệu kê khai nộp thuế, bảo cáo quyết toán thuế của người nộp thuế để phục vụ việc hoàn thuế”.

Công chức Hải quan TPHCM làm thủ tục cho doanh nghiệp. Ảnh: Thu Hòa

Đối chiếu với các quy định hiện hành, cơ quan Hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan Thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp đối với các trường hợp cụ thể.

Theo đó, các trường hợp được quy định như sau: Người nộp thuế trong thời hạn 12 tháng tính đến ngày nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa có hành vi vi phạm pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật khác có liên quan đang bị cơ quan có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự.

Người nộp thuế là công ty thành viên trong cùng một tập đoàn nhưng tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự hoặc đơn vị thành viên khác trong cùng một tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự.

Người nộp thuế có số tiền thuế GTGT đề nghị hoàn từ 500 triệu đồng trở lên; người nộp thuế không giải trình được những mâu thuẫn trong hồ sơ đề nghị hoàn tiền thuế GTGT nộp thừa; các trường hợp khác mà cơ quan Hải quan có nghi ngờ trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa của người nộp thuế.

Cũng theo Tổng cục Hải quan, cơ quan Hải quan phải theo dõi, đôn đốc phối hợp với cơ quan Thuế. Ngay sau khi nhận được ý kiến của cơ quan Thuế, căn cứ văn bản quy phạm pháp luật, hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan Hải quan có văn bản phản hồi cho người nộp thuế.

Đối với các trường hợp hoàn tiền thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng cơ quan Hải quan có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế thì không cần thu thập thêm thông tin từ cơ quan Thuế địa phương.