Tuy nhiên, ở chiều ngược lại, nhiều ý kiến cho rằng, thanh tra, kiểm tra nhiều đang gây khó cho doanh nghiệp bởi công tác này gây mất thời gian, thậm chí đâu đó vẫn có trường hợp, doanh nghiệp phải mất phí "bôi trơn" để được êm xuôi. Cũng cần phải chia sẻ với doanh nghiệp bởi 1 năm, mỗi doanh nghiệp không chỉ tiếp một đoàn thanh tra về thuế, mà còn thêm thanh tra trong các lĩnh vực khác mà doanh nghiệp có liên quan.

Thanh tra, kiểm tra là công tác bắt buộc. Nếu không thanh tra, kiểm tra thì tức là buông công cụ quản lý nhà nước. Vậy làm sao để hài hòa? Ngày 17/5/2017, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã có Chỉ thị 20/CT-TTg yêu cầu chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp. Theo đó Thủ tướng Chính phủ yêu cầu tập trung chỉ đạo khi xây dựng, phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm không để xảy ra tình trạng thanh tra, kiểm tra quá 1 lần/năm đối với doanh nghiệp.

Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho rằng, thanh tra bao nhiêu lần một năm không phải là vấn đề. Mấu chốt ở đây là việc thanh tra đúng đối tượng. Đối với doanh nghiệp, nếu doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định pháp luật của nhà nước trong hoạt động kinh doanh và kê khai thuế thì sẽ không bao giờ rơi vào "tầm ngắm" của cơ quan Thuế.

Hơn hết, để có cái nhìn thiện cảm hơn của doanh nghiệp trong hoạt động này, trước hết cơ quan Thuế cần nâng cao trình độ của cán bộ thuế làm công tác thanh tra, kiểm tra, tăng cường cán bộ giỏi. Song song đó cần thay đổi chiến lược thanh tra, kiểm tra, chọn đối tượng thanh tra có trọng tâm trọng điểm. Trong cách làm cần chấn chỉnh, yêu cầu các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra phải làm đúng luật, nếu kết luận sai phải chịu trách nhiệm và bồi thường. Thanh tra kiểm tra cần phải đi vào thực chất thay vì hô hào chung chung.