Theo Cục Thuế Cần Thơ, tại Báo cáo kiểm toán chuyên đề việc quản lý, sử dụng đất trong và sau quá trình cổ phần hóa DNNN giai đoạn 2011-2017 tại thành phố Cần Thơ theo Công văn số 52/KTNN-TH ngày 1/4/2019, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) xác định UBND tỉnh Cần Thơ cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư (GCNUĐĐT) cho phép miễn tiền thuê đất đối với Công ty Cổ phần In Tổng hợp Cần Thơ (Công ty) 13 năm thay vì 10 năm là chưa phù hợp với quy định.

Theo đó, KTNN kiến nghị UBND thành phố Cần Thơ chỉ đạo Cục Thuế kiểm tra, rà soát việc miễn tiền thuê đất đối với Công ty Cổ phần In Tổng hợp Cần Thơ và báo cáo KTNN kết quả thực hiện.

Thực hiện chỉ đạo của UBND Thành phố tại Công văn số 1498/UBND-KT ngày 14/5/2019 về việc thực hiện kiến nghị KTNN, Cục Thuế đã có các công văn báo cáo UBND thành phố xem xét, điều chỉnh chính sách ưu đãi tiền thuê đất tại GCNUĐĐT đã cấp cho Công ty.

KTNN Khu vực (KV) V đã tiến hành rà soát việc thực hiện các kiến nghị của KTNN, KTNN KV V đã yêu cầu Cục Thuế phải thực hiện các thủ tục để ban hành Thông báo thu hồi lại số tiền thuê đất đã miễn 3 năm (năm 2011-2014) đối với Công ty.

Thực hiện yêu cầu của KTNN KV V, Cục Thuế đã kiểm tra, rà soát việc miễn tiền thuê đất của Công ty và đã ban hành quyết định điều chỉnh, quyết định thu hồi và hủy các quyết định miễn tiền thuê đất; đã ban hành thông báo về việc nộp tiền thuê đất và tiền chậm nộp tương ứng đã được miễn từ ngày 15/5/2011 đến ngày 14/5/2014 theo kết luận của KTNN.

KTNN Khu vực V đã có Công văn số 744/KV V-TH ngày 20/9/2022 phúc đáp UBND thành phố Cần Thơ và Công ty về việc nộp tiền thuê đất truy thu đối với Công ty, như sau:“...Cục Thuế thực hiện truy thu tiền thuê đất đối với tổ chức thuê đất là Công ty Cổ phần In Tổng hợp Cần Thơ và không phụ thuộc người đang nắm giữ vốn điều lệ tại Công ty, nên Công ty Cổ phần In Tổng hợp Cần Thơ phải có trách nhiệm thực hiện nộp ngân sách số tiền truy thu theo Thông báo của Cục Thuế”

Cục Thuế đã nhiều lần báo cáo UBND Thành phố, làm việc với KTNN nhằm tháo gỡ khó khăn, vướng mắc của Công ty. Tuy nhiên, KTNN KV V đã có văn bản khẳng định không thay đổi kiến nghị kiểm toán tại báo cáo kiểm toán đã phát hành, Công ty phải có trách nhiệm thực hiện nộp ngân sách số tiền truy thu theo thông báo của Cục Thuế.

Theo Cục Thuế Cần Thơ, căn cứ các quy định tại Khoản 1 Điều 7 Luật Kiểm toán nhà nước năm 2015; Điểm b Khoản 2 Điều 21 Luật Quản lý thuế năm 2019 (Cơ quan quản lý thuế có trách nhiệm tổ chức thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước) và ý kiến của KTNN KV V, Cục Thuế là cơ quan phải thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước theo Luật Kiểm toán nhà nước, Luật Quản lý thuế và chỉ đạo UBND Thành phố.

Cục Thuế đã thực hiện truy thu tiền thuê đất đúng quy định đối với tổ chức thuê đất là Công ty Cổ phần In Tổng hợp Cần Thơ nên Công ty phải có trách nhiệm nộp tiền thuê đất truy thu theo thông báo của Cục Thuế.

Cục Thuế đã ban hành các quyết định hành chính để thực hiện kiến nghị KTNN KV V theo đúng quy định của pháp luật. Trường hợp Công ty không đồng ý các quyết định và thông báo của Cục Thuế thành phố Cần Thơ thì Công ty có quyền khiếu nại theo pháp luật khiếu nại và khởi kiện hành chính theo Luật tố tụng hành chính. Căn cứ quyết định giải quyết khiếu nại hoặc phán quyết của Tòa án, Cục Thuế sẽ chấp hành bản án, quyết định của Tòa án.