Theo đó, tại điểm a khoản 2 Điều 19 Luật Công nghệ cao quy định DN nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được hưởng mức ưu đãi cao nhất theo quy định của pháp luật về thuế GTGT, thuế XNK; khoản 11 Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK; Điều 14 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định hàng hóa NK để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư được miễn thuế NK. Trong đó, vật tư xây dựng được miễn thuế phải là loại trong nước chưa sản xuất được.

Công chức Cục Hải quan Kiên Giang kiểm tra hàng hóa NK.

Cũng tại khoản 13 Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK, Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 8 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP quy định miễn thuế NK trong thời hạn 5 năm kể từ ngày bắt đầu sản xuất đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được NK phục vụ sản xuất của dự án thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn hoặc thuộc danh mục ngành nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hết thời hạn 5 năm, người nộp thuế phải nộp đủ thuế theo quy định đối với lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK không sử dụng hết đã được miễn thuế.

Ngoài ra, tại khoản 2 Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định một trong các nguyên tắc xây dựng Danh mục miễn thuế là hàng hóa phải thuộc đối tượng được miễn thuế phải phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, quy mô, công suất của dự án, cơ sở sản xuất, hoạt động sửa dụng hàng hóa miễn thuế.

Đặc biệt, theo quy định tại điểm 2 mục 2 phần a phụ lục 1 và số thứ tự 54 phụ lục 2 ban hành kèm theo Nghị định 118/2015/NĐ-CP (nay là Nghị định 31/2021/NĐ-CP) quy định nuôi tròng, chế biến, bảo quản nông, lâm, thủy sản thuộc ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư và quy định toàn bộ các huyện, các đảo, hải đảo thuộc tỉnh, thị xã Hà Tiên, tỉnh Kiên Giang thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn. Bên cạnh đó, căn cứ xác nhận của Bộ NN&PTNT thì Công ty CP Trung Sơn là DN nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Đối chiếu với các quy định, theo Tổng cục Hải quan, dự án đầu tư thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn hoặc thuộc danh mục ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư được miễn thuế NK đối với hàng hóa NK để tạo tài sản cố định cho dự án; miễn thuế NK đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được NK phục vụ sản xuất trong thời hạn 5 năm kể từ ngày bắt đầu sản xuất theo quy định của pháp luật về thuế XNK.

Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan Kiên Giang căn cứ quy định, đối chiếu với hồ sơ thông báo Danh mục miễn thuế, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và thực tế hàng hóa NK của dự án để áp dụng chính sách thuế, thủ tục thuế theo đúng quy định. Trường hợp áp dụng chính sách ưu đãi miễn thuế NK chưa đúng đối tượng thì thực hiện điều chỉnh đối tượng miễn thuế và xử lý theo quy định.