Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc. Ảnh: N.Linh

Cụ thể, trường hợp Công ty TNHH Youngjin E&C Vina là DN nội địa trúng thầu thi công xây dựng nhà máy cho một DN chế xuất vào tháng 8/2017.

Công ty TNHH Youngjin E&C Vina đứng tên trên tờ khai NK cho hàng hóa là các vật tư, vật liệu để xây dựng DN chế xuất theo hình thức nhà thầu NK để xây dựng nhà xưởng cho DN chế xuất. Để hàng hóa mà công ty NK được hưởng chính sách thuế như đối với hàng hóa của DN chế xuất NK, công ty phải nộp thuế NK và thuế Giá trị gia tăng. Khi công ty XK hàng hóa vào DN chế xuất thì không phải nộp thuế XK và được hoàn tiền thuế NK, xử lý tiền thuế GTGT đã nộp.

Theo công ty này, thủ tục như vậy phức tạp và rườm rà cho DN. Trước đây, nhà thầu khi đứng tên trên tờ khai hải quan để làm thủ tục hải quan NK hàng hóa từ nước ngoài để xây dựng nhà xưởng cho DN chế xuất, thì hàng hóa đó đã cũng thuộc đối tượng không chịu thuế NK.

Liên quan đến vấn đề vướng mắc của DN, đại diện Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc cho biết, ngay sau khi DN hỏi về chính sách thuế đối với hàng hóa XK xây dựng DN chế xuất theo hợp đồng thầu, Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc đã có công văn trả lời DN về vấn đề này căn cứ theo các quy định của Luật Thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13, Nghị định 134/2016/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Hải quan. Theo các quy định hiện hành, đối tượng ưu đãi thuế là hàng hóa của DN chế xuất, khi DN nội địa nhập kinh doanh để bán cho DN chế xuất thì bao giờ phát sinh việc bán cho DN chế xuất cơ quan Hải quan sẽ hoàn thuế.

Cũng liên quan đến việc áp dụng chính sách thuế đối với hàng hóa NK xây dựng cho DN chế xuất, Tổng cục Hải quan đã có văn bản trả lời Cục Hải quan Hà Nội khi làm thủ tục cho một DN.

Theo đó, Tổng cục Hải quan cho biết, đối với thủ tục hải quan căn cứ khoản 2 Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính thì “Đối với hàng hóa NK từ nước ngoài để xây dựng nhà xưởng, văn phòng, lắp đặt thiết bị cho DN chế xuất: Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Chương II Thông tư này. Trường hợp nhà thầu NK hàng hóa để xây dựng nhà xưởng, văn phòng, lắp đặt thiết bị cho DN chế xuất thì sau khi bàn giao công trình cho DN chế xuất thì báo cáo lượng hàng hóa NK cho cơ quan Hải quan nơi quản lý DN chế xuất theo mẫu số 18/NTXD-DNCX/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư này”.

Về thuế NK, căn cứ khoản 2 Điều 2 Luật Thuế XK, NK số 107/2016/QH13 thì hàng hóa XK từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa NK từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế XK, thuế NK.

Căn cứ điểm a khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ thì hàng hóa NK nhưng phải tái xuất ra nước ngoài hoặc XK vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan được hoàn thuế NK và không phải nộp thuế XK.

Căn cứ các quy định trên, Tổng cục Hải quan hướng dẫn trường hợp là DN chế xuất thì hàng hóa khi NK từ nước ngoài vào DN chế xuất không thuộc đối tượng chịu thuế NK.

Trường hợp là DN nội địa, khi NK hàng hóa phải nộp thuế NK, khi XK hàng hóa vào DN chế xuất không phải nộp thuế XK và được hoàn số tiền thuế NK đã nộp.

Về thuế GTGT, trường hợp là DN chế xuất, hàng hóa từ nước ngoài NK vào DN chế xuất không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Trường hợp là DN nội địa, hàng hóa khi NK vào nội địa phải nộp thuế GTGT, khi XK hàng hóa vào DN chế xuất số tiền thuế GTGT đã nộp được xử lý theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế TTĐB và Luật quản lý thuế.