Hoạt động sản xuất của doanh nghiệp. Ảnh: HA

Về quy trình hoàn thuế bao gồm 7 bước: tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế; phân loại hồ sơ hoàn thuế; giải quyết hồ sơ hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế; quyết định hoàn thuế; ban hành lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước; thu hồi hoàn thuế.

Đối với việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế, bao gồm xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế (quy định tại Điều 15); xác định số tiền thuế nợ phải bù trừ với số thuế được hoàn (Điều 16) và đề xuất hoàn thuế (Điều 17).

Đối với quy định về xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế, quy trình này làm rõ việc xác định số thuế trong 2 trường hợp: đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước và đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Trong đó, việc xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước bao gồm các trường hợp sau: hoàn theo quy định của pháp luật thuế; hoàn thuế đối với hồ sơ đề nghị thanh toán của ngân hàng thương mại; hoàn thuế đối với cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế; hoàn nộp thừa khác.

Đối với việc xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, trước hết sẽ phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (NNT). Tại đây, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử trên phân hệ hoàn thuế hoặc hồ sơ hoàn thuế bằng giấy do bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế chuyển đến đối với các hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại kiểm tra trước hoàn thuế tại thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế hoặc thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế và thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT theo quy định của pháp luật, quy trình kiểm tra thuế và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Trong quá trình thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế phải cập nhật đầy đủ, kịp thời quyết định kiểm tra tại trụ sở NNT và nhật ký kiểm tra, biên bản kiểm tra vào ứng dụng của ngành Thuế. Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn thuế đồng bộ với ứng dụng TTR và Nhật ký thanh kiểm tra.

Sau bước này, cơ quan Thuế áp dụng các biện pháp nghiệp vụ. Cụ thể, trong quá trình thực hiện thanh tra, kiểm tra, trường hợp hồ sơ hoàn thuế cần thiết áp dụng các biện pháp nghiệp vụ được quy định tại Điều 35 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế báo cáo lãnh đạo cơ quan Thuế xem xét, quyết định. Trường hợp lãnh đạo cơ quan Thuế quyết định áp dụng biện pháp nghiệp vụ theo quy định tại khoản 5 Điều 35 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế dự thảo thông báo hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế theo mẫu 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, nêu rõ lý do chưa đủ điều kiện hoàn thuế trình lãnh đạo cơ quan Thuế phê duyệt trên phân hệ hoàn thuế và gửi NNT theo hướng dẫn tại quy trình một cửa; đồng thời, hệ thống TMS tự động cập nhật trạng thái hồ sơ tạm dừng giải quyết hoàn thuế trên phân hệ hoàn thuế, phân hệ QHS. Sau khi nhận được kết quả giải quyết hoặc ý kiến của cơ quan điều tra hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế tiếp tục thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT.

Sau khi thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT, áp dụng các biện pháp nghiệp vụ thì cơ quan Thuế tiến hành xác định số tiền đủ điều kiện hoàn thuế.

Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ biên bản kiểm tra thuế, quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, kết luận kiểm tra thuế (nếu có) để lập phiếu đề xuất hoàn thuế quy định tại quy trình này; đồng thời xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp hoàn hoặc hồ sơ không thuộc trường hợp được hoàn; số tiền thuế đủ điều kiện được hoàn; số thuế không được hoàn, số thuế không được hoàn chuyển khấu trừ (nếu có); số thuế chưa đủ căn cứ xác định cần tiếp tục kiểm tra, xác minh (nếu có).

Trường hợp kết quả kiểm tra hồ sơ hoàn thuế xác định NNT vừa có số tiền thuế đủ điều kiện được hoàn, vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì bộ phận thanh tra-kiểm tra trình lãnh đạo cơ quan Thuế ban hành quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và xử lý bù trừ số tiền thuế được hoàn với số tiền phải nộp tại phiếu đề xuất hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này). Trường hợp quá thời hạn kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, chưa nhận được kết quả hoặc ý kiến, xác minh của cơ quan công an hoặc cơ quan có thẩm quyền, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn tiếp tục giải quyết đối với số thuế đã đủ điều kiện được hoàn, số thuế không được hoàn, số thuế không được hoàn chuyển khấu trừ (nếu có) cho NNT, số thuế chưa được hoàn đang chờ kết quả kiểm tra xác minh theo quy định tại Điều 34, Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.