Chương trình DN ưu tiên được thực hiện thí điểm năm 2011 theo Thông tư 63/2011/TT-BTC ngày 13-5-2011 và Thông tư 105/2011/TT-BTC ngày 12-7-2011 của Bộ Tài chính.

Ngày 27-6-2013, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 86/2013/TT-BTC thực hiện chế độ DN ưu tiên trong lĩnh vực hải quan. Sự kiện này đánh dấu kết thúc giai đoạn thí điểm theo Thông tư 63 và 105.

Kể từ khi áp dụng đến nay, Tổng cục Hải quan đã cấp chứng nhận DN ưu tiên cho 13 DN. Tuy nhiên, ngày 28-8-2013, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan kí Quyết định số 2687/QĐ-TCHQ đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên đối với Tổng công ty dầu Việt Nam (PV Oil). PV Oil là 1 trong 9 DN đầu tiên được lựa chọn áp dụng chế độ ưu tiên. Nhưng trong quá trình được công nhận DN ưu tiên PV Oil chưa tuân thủ đúng các điều kiện một DN ưu tiên phải thực hiện.

Điều 3, Thông tư 86 quy định điều kiện về tuân thủ pháp luật, như sau:

1. Thời hạn đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp là 24 tháng trở về trước, kể từ ngày Tổng cục Hải quan nhận được văn bản của DN đề nghị được công nhận là DN ưu tiên.

2. Trong thời hạn quy định tại khoản 1 Điều này, DN không vi phạm các pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lí về một trong những hành vi dưới đây được coi là đáp ứng điều kiện tuân thủ pháp luật:

2.1. XK, NK hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa cấm XK, cấm NK không đúng quy định của pháp luật.

2.2. Bị xử lí về hành vi trốn thuế, gian lận thuế, buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới;

2.3. Quá 3 lần bị các cơ quan Hải quan, cơ quan Thuế xử lí hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn với mức xử phạt vi phạm hành chính bằng tiền mỗi lần vượt quá thẩm quyền của chi cục trưởng hoặc các chức danh tương đương theo quy định của pháp luật về xử lí vi phạm hành chính.

2.4. Bị cơ quan Hải quan xử lí hành chính về hành vi không chấp hành yêu cầu của cơ quan Hải quan trong kiểm tra hải quan, cung cấp thông tin, hồ sơ DN.