Sản xuất, gia công hàng hóa tại Công ty TNHH MTV Phát triển trang phục phụ nữ kiểu Pháp. Ảnh: T.H

Theo phản ánh của các DN, tại Khoản 4 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu quy định: “Phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan Hải quan.”

Với quy định nêu trên, các DN thủy sản cho rằng thông số “không quá 3%” là chỉ áp dụng cho “nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công”, không áp dụng cho “phế liệu, phế phẩm”.

Tuy nhiên, theo Công văn 2767 ngày 26/7/2017 của Cục Thuế XNK – Tổng cục Hải quan gửi cục Hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn về phế liệu, phế phẩm của hợp đồng gia công đề cập “Phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa”.

Các Cục Hải quan địa phương căn cứ công văn nêu trên đã có văn bản thông báo đến các DN và yêu cầu DN báo cáo tình hình nộp thuế đối với phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa.

Với hướng dẫn này, các DN gặp vướng mắc ở chỗ: Trong thực tế, đối với ngành Thủy sản, khi nhập nguyên liệu thủy sản về để chế biến, thì lượng phế liệu, phế phẩm luôn luôn chiếm từ 20% đến 50% tổng lượng nguyên liệu nhập khẩu (tùy mặt hàng). Do vậy, quy định tỷ lệ 3% cho tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu (để được miễn thuế NK) áp dụng đối với cả phế liệu, phụ phẩm của ngành thủy sản là không phù hợp với thực tiễn do tỷ lệ này không thực tế.

Ngoài ra, tại khoản 5 Điều 64 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 quy định: Đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu thì khi bán, tiêu thụ nội địa không phải làm thủ tục hải quan chuyển đổi mục đích sử dụng nhưng phải kê khai nộp thuế với cơ quan thuế nội địa theo quy định của pháp luật về thuế.

Như vậy, theo Thông tư 38 thì giới hạn 3% tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu chỉ áp dụng đối với các nguyên liệu, vật tư dư thừa, không bao gồm cả phế phẩm, phế liệu.

Trên tinh thần của Nghị quyết 19-2016/NQ-CP và Nghị quyết 19-2017/NQ-CP của Chính phủ về cải thiện môi trường kinh doanh, tháo gỡ khó khăn cho DN, VASEP kiến nghị với Tổng cục Hải quan rà soát và có văn bản đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết Khoản 4 Điều 10 Nghị định 134 về "Miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu” cho phù hợp với thực tế. Theo đó, tỷ lệ 3% nguyên liệu, vật tư dư thừa (đã nhập khẩu để gia công) để được miễn thuế không bao gồm phế liệu, phế phẩm.

Trước mắt, VASEP đề nghị Tổng cục Hải quan có văn bản hướng dẫn các cục hải quan áp dụng công văn 2767 nói trên đối với các nguyên liệu thủy sản nhập khẩu cho gia công chỉ gồm lượng nguyên liệu, vật tư dư thừa, không bao gồm phế liệu, phế phẩm.