Công chức Hải quan Hữu Nghị kiểm tra máy móc TNTX. Ảnh: H.Nụ

Tồn tại từ thực tế

Cụ thể, đối với hàng hóa NK của đối tượng phải thông báo Danh mục hàng hóa XNK miễn thuế (gọi tắt là DMMT), việc kiểm tra, cấp, theo dõi và quản lý DMMT vẫn còn một số tồn tại như: máy móc thiết bị trong DMMT chưa phù hợp với tên máy móc, thiết bị và thông số kỹ thuật; số lượng máy móc thiết bị cho phép NK miễn thuế chưa phù hợp với số lượng thiết bị có trong thuyết minh dự án; thời gian dự kiến NK hàng hóa miễn thuế chưa phù hợp với thời gian thực hiện dự án quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư; bản giải trình dự án chưa đầy đủ thông tin để đối chiếu...

Cũng qua công tác kiểm tra, rà soát, cơ quan Hải quan phát hiện, vẫn còn một số trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế sau đó chủ dự án thay đổi mục đích sử dụng miễn thuế chuyển tiêu thụ nội địa nhưng không thông báo với cơ quan Hải quan để thực hiện các nghĩa vụ về thuế.

Trong khi đó, việc xác định chủ thể được đăng ký DMMT còn nhiều lúng túng do pháp luật về đầu tư không có khái niệm “chủ dự án”, tại Giấy phép đầu tư/Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư chỉ có “Nhà đầu tư”, “Tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư” như quy định tại điểm a khoản 2 Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Ngoài ra, hiện nay Luật Thuế XK, thuế NK; Nghị định 18/2021/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều Nghị định 134/2016/NĐ-CP; Quy trình miễn thuế đối với hàng hóa XNK ban hành kèm theo Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ chưa có quy định, hướng dẫn về xử lý thuế đối với đối với trường hợp sáp nhập DN dẫn đến khó khăn trong tổ chức thực hiện chính sách thuế.

Chủ động khắc phục bất cập

Để đảm bảo việc tổ chức và thực hiện các chính sách miễn thuế đối với hàng hóa XNK đúng quy định của pháp luật và các văn bản hướng dẫn, khắc phục những vướng mắc, bất cập, Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố tiếp tục chỉ đạo kiểm tra, rà soát toàn bộ hồ sơ miễn thuế để lựa chọn kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo quy định. Đồng thời, triển khai thực hiện nghiêm ngặt quy định về điều kiện miễn thuế.

Theo đó, các đơn vị cần căn cứ hồ sơ thông báo DMMT và quy định của pháp luật có liên quan để xác định cụ thể đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư (lĩnh vực, ngành nghề, đối tượng khác…), ưu đãi miễn thuế và phạm vi miễn thuế để áp dụng chính sách thuế đúng quy định, tránh vướng mắc trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan và kiểm tra sau khi hàng hóa đã thông quan. Đối chiếu hồ sơ thông báo DMMT, thực tế hoạt động của tổ chức, cá nhận sử dụng hàng hóa để xem xét xác định đối tượng thông báo DMMT theo đúng quy định.

Đối với các trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu NK hàng hóa phải cung cấp văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu và ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế NK. Trường hợp hợp đồng trúng thầu NK không quy định giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế NK thì không đáp ứng quy định và không được miễn thuế.

Kiểm tra hồ sơ thông báo DMMT, hồ sơ miễn thuế, hoạt động sản xuất, kinh doanh của tổ chức, cá nhân tại Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư để xác định hàng hoá NK để tạo tài sản cố định hay để sản xuất, trên cơ sở đó xác định đúng đối tượng và xử lý miễn thuế theo đúng quy định về thuế XNK. Ngoài ra, hồ sơ miễn thuế NK phải phù hợp với DMMT đã thông báo với cơ quan Hải quan để đảm bảo xử lý miễn thuế theo đúng quy định.

Đối với các mặt hàng là linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng NK phải kiểm tra kỹ tiêu chí như: được dùng để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với máy móc, thiết bị NK thuộc đối tượng miễn thuế. Đối với các mặt hàng có điều kiện miễn thuế là trong nước chưa sản xuất được phải đối chiếu với Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được và văn bản hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Trường hợp xác định hàng hóa trong nước đã sản xuất được thì không thuộc đối tượng được miễn thuế NK. Tuy nhiên, trường hợp cơ quan Hải quan chưa đủ cơ sở xác định hàng hóa thuộc đối tượng trong nước đã sản xuất được thì cơ quan Hải quan cho phép DN thông báo DMMT đối với hàng hóa này nhưng phải ghi chú tại “ô ghi chú” trên DMMT để cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục NK thực hiện kiểm tra; trường hợp đã tiếp nhận DMMT, DN làm thủ tục NK nhưng chưa đủ căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được (chưa có văn bản xác nhận của Bộ Kế hoạch và Đầu tư) thì cơ quan Hải quan áp dụng quy định tại khoản 2 Điều 8 Luật Thuế XK, thuế NK để thực hiện thu thuế.

Theo đó, khi có văn bản xác nhận của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, cơ quan Hải quan hướng dẫn DN thực hiện khai bổ sung hải quan (mã miễn thuế, số thứ tự dòng hàng trên DMMT, số DMMT) và điều chỉnh số lượng hàng hóa tương ứng đã sử dụng trên DMMT để xử lý miễn thuế. Trường hợp DN đã nộp thuế NK thì cơ quan Hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Ngoài ra, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị kiểm tra, rà soát các DMMT đã tiếp nhận từ 1/9/2016 đến nay. Trường hợp xác định hàng hóa trên DMMT thuộc Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất thì thực hiện: Trường hợp đã NK miễn thuế theo DMMT thì phải thu đủ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có); trường hợp chưa NK hoặc vẫn còn hàng hóa trên DMMT thì thực hiện điều chỉnh số lượng dự kiến NK của dòng hàng tương ứng trên DMMT sao cho lượng hàng hóa còn lại bằng 0.

Liên quan đến chính sách thuế đối với hàng hóa NK miễn thuế của dự án ưu đãi đầu tư trong trường hợp sáp nhập, theo đó, tổ chức được hình thành trên cơ sở sáp nhập được kế thừa các ưu đãi đầu tư áp dụng đối với dự án đầu tư trước khi sáp nhập nếu vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư. Do đó, hàng hóa NK miễn thuế tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư sau khi sáp nhập vào tổ chức hình thành trên cơ sở sáp nhập tiếp tục được theo dõi, quản lý theo đối tượng miễn thuế nếu dự án vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư.

Tổ chức hình thành trên cơ sở sáp nhập có trách nhiệm sử dụng đúng mục đích hàng hóa đã được miễn thuế và báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế trong năm tài chính cho cơ quan Hải quan theo quy định. Cơ quan Hải quan nơi đã tiếp nhận DMMT của dự án bị sáp nhập có trách nhiệm theo dõi, quản lý và kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế.

Các cục hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo kiểm tra, rà soát việc nộp thông báo tình hình sử dụng hàng hoá NK miễn thuế hàng năm của chủ dự án theo quy định làm cơ sở thực hiện kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế, để khắc phục tình trạng DN tự ý thay đổi mục đích sử dụng hàng hoá trong thời gian dài nhưng cơ quan Hải quan không phát hiện được để xử lý kịp thời.

Đồng thời, rà soát, thu thập thông tin về tình hình hoạt động của các dự án ưu đãi đầu tư đã thông báo DMMT tại đơn vị để có biện pháp quản lý phù hợp. Trường hợp thay đổi chủ dự án hoặc thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa, chuyển tiêu thụ nội địa nhưng không thông báo với cơ quan Hải quan thì căn cứ quy định tại Luật Quản lý thuế; Nghị định 126/2020/NĐ-CP; Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC để xử lý.