Việc kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế là Chi cục KTSTQ. Ảnh: T.Trang.

Theo phản ánh của Cục Hải quan TP.HCM, tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung tại điểm d khoản 3 Điều 129 Thông tư số 39/2015/TT-BTC quy định thì việc kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế tại trụ sở người nộp thế được thực hiện theo quy định tại Điều 143 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Theo quy định tại Điều 78 Luật Hải quan số 54/2014/QH13; Điều 60 Luật Quản lý thuế số 78/2006/Qh11 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13, khoản 74 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 143 Thông tư số 38/2015/TT-BTC thì việc kiểm tra sau hoàn thuế nêu trên thực hiện trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro.

Căn cứ quy định trên, hàng năm cơ quan Hải quan chỉ thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Điều 143 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đối với một số bộ hồ sơ hoàn thuế trước trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro, như vậy, những trường hợp DN đã được hoàn thuế (hoàn trước) nhưng cơ quan Hải quan không kiểm tra dẫn đến khả năng nhiều DN đề nghị hoàn thuế sau nhưng không phát hiện được.

Đơn vị này thắc mắc, việc thực hiện kiểm tra đối với hồ sơ “hoàn thuế trước – kiểm tra sau” sẽ do Chi cục Hải quan tự tổ chức thực hiện hay do Chi cục Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) thực hiện? Theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh: Căn cứ quy định tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC (đơn vị tiến hành KTSTQ gửi thông báo kết quả kiểm tra” hoàn thuế trước – kiểm tra sau” cho Chi cục Hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế để thực hiện…) thì việc kiểm tra các “quyết định đã hoàn thuế” sẽ do Chi cục KTSTQ hoặc Phòng Thanh tra – Kiểm tra thực hiện. Đề nghị Tổng cục Hải quan hướng dẫn nội dung này.

Hướng dẫn nội dung này, Tổng cục Hải quan cho biết, từ ngày Thông tư số 39/2018/TT-BTC có hiệu lực (ngày 5/6/2018), đối với hồ sơ “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” việc kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định tại khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 143 Thông tư số 38/2015/TT-BTC; điểm b khoản 1 Điều 24 quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa ban hành kèm theo Quyết định 1919/2018/QĐ-TCHQ ngày 28/6/2018, đơn vị thực hiện kiểm tra là Chi cục KTSTQ.

Theo đó, đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố không có Chi cục KTSTQ thì Cục trưởng tổ chức thực hiện KTSTQ hoặc phối hợp với Cục KTSTQ để kiểm tra sau hoàn thuế. Đơn vị tiến hành KTSTQ gửi thông báo kết quả kiểm tra cho Chi cục Hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế để hoàn chỉnh hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm đ khoản 3 Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được bổ sung tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Việc phân loại hồ sơ để thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế, gửi kết luận kiểm tra sau hoàn thuế, xử lý kết quả kiểm tra sau hoàn thuế đã được hướng dẫn tại khoản 2, 3, 4 Điều 24 quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa ban hành kèm theo Quyết định 1919/2018/QĐ-TCHQ ngày 28/6/2018 của Tổng cục Hải quan.