Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc, Cục Hải quan Hà Nội. Ảnh: T.Trang.

Theo đó, đối với những tờ khai hải quan phát sinh trước ngày 1/9/2016 thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 64 Thông tư 38/2015/TT-BTC thì: “Đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu thì khi bán, tiêu thụ nội địa không phải làm thủ tục hải quan chuyển đổi mục đích sử dụng nhưng phải kê khai nộp thuế với cơ quan Thuế nội địa theo quy định của pháp luật về thuế”.

Đối với tờ khai hải quan từ ngày 1/9/2016 đến nay, Bộ Tài chính hướng dẫn, căn cứ khoản 6 Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK 107/2016/QH13 thì: “Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu; sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn vào sản phẩm gia công; sản phẩm gia công xuất khẩu. Sản phẩm gia công xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư trong nước có thuế xuất khẩu thì không được miễn thuế đối với phần trị giá nguyên liệu, vật tư trong nước tương ứng cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu.

Hàng hóa xuất khẩu để gia công sau đó nhập khẩu được miễn thuế xuất khẩu và thuế nhập khẩu tính trên phần trị giá của nguyên vật liệu xuất khẩu cấu thành sản phẩm gia công. Đối với hàng hóa xuất khẩu để gia công sau đó nhập khẩu là tài nguyên, khoáng sản, sản phẩm có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên thì không được miễn thuế.

Bên cạnh đó, căn cứ khoản 4 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì: “Phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan Hải quan”.

Theo đó, phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp các loại thuế khác (nếu có) cho cơ quan Hải quan.

Trường hợp phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công khi tiêu thụ nội địa từ ngày 1/9/2016 đến ngày công văn này được ban hành, DN đã kê khai nộp thuế với cơ quan Thuế nội địa thì không phải kê khai, điều chỉnh lại.

Khi quyết toán việc quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để gia công hàng XK theo quy định của pháp luật về hải quan, DN có trách nhiệm xuất trình bản kê khai đối với phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu vật tư dư thừa với cơ quan Thuế, chứng từ nộp thuế cho cơ quan Hải quan để thực hiện thanh khoản. Trường hợp DN chưa kê khai và nộp đủ các loại thuế phải nộp thì phải kê khai nộp thuế bổ sung với cơ quan Hải quan.