Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Yên Phong, Cục Hải quan Bắc Ninh. Ảnh: T.Trang.

Theo Tổng cục Hải quan, trường hợp tờ khai hải quan phát sinh trước ngày 1/9/2016 (thời điểm Nghị định 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực) thì thực hiện theo quy định khoản 4 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP và điểm c khoản 4 Điều 103 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Cụ thể tại khoản 4 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP quy định: Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công cho phía Việt Nam được miễn thuế xuất khẩu, khi nhập khẩu trở lại được miễn thuế nhập khẩu trên phần trị giá của hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công theo hợp đồng.

Bên cạnh đó tại điểm c khoản 4 Điều 103 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã quy định: Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công cho phía Việt Nam được miễn thuế xuất khẩu, khi nhập khẩu trở lại Việt Nam thì phải nộp thuế nhập khẩu đối với sản phẩm sau gia công (không tính thuế đối với phần trị giá của vật tư, nguyên liệu đã đưa đi gia công theo hợp đồng gia công đã ký; mức thuế thuế nhập khẩu tính theo sản phẩm sau gia công nhập khẩu; xuất xứ của sản phẩm xác định theo quy định về xuất xứ của Bộ Công Thương).

Theo đó, trường hợp tờ khai NK trở lại phát sinh trước ngày 1/9/2016, cơ quan Hải quan tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Kết quả kiểm tra nếu đủ căn cứ xác định số tiền thuế được hoàn thì xử lý hoàn thuế cho DN theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện.

Trường hợp tờ khai hải quan phát sinh từ ngày 1/9/2016 (thời điểm Nghị định 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực) thì thực hiện theo quy định tại công văn 6519/BTC-TCHQ ngày 19/5/2017 của Bộ Tài chính, cụ thể: Trường hợp DN nội địa ký hợp đồng thuế DN chế xuất gia công sản phẩm mà nguyên liệu, vật tư do DN nội địa cung cấp toàn bộ sản phẩm thì sản phẩm sau gia công khi NK trở lại nội địa được miễn thuế NK.

Theo đó, trường hợp sản phẩm sau gia công khi NK trở lại nội địa DN đã nộp thuế NK thì cơ quan Hải quan xử lý tiền thuế theo quy định tại Điều 49 và Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC.