Hoạt động nghiệp vụ hải quan tại Chi cục Hải quan cảng Cái Lân. Ảnh: T.Trang.

Đây là hướng dẫn của Tổng cục Hải quan trong việc triển khai thực hiện kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế đã có sự thay đổi giữa Thông tư số 38/2015/TT-BTC và Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Gặp vướng trong thực hiện kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, Hải quan Bình Định cho biết, tại Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC quy định việc kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện theo quy định tại Điều 143 Thông tư này (Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người nộp thuế).

Chi cục Hải quan thuộc Cục Hải quan Bình Định đã xây dựng kế hoạch số 1618/KH-HQCKQN kiểm tra các hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau tại trụ sở người nộp thuế gồm 5 DN, đến thời điểm Thông tư số 39/2018/TT-BTC có hiệu lực (ngày 5/6/2018), đơn vị đã thực hiện kiểm tra với 2 DN, 1 DN kiểm tra sau thông quan còn 2 DN chưa thực hiện kiểm tra.

Đơn vị này thắc mắc, Chi cục Hải quan thuộc Cục Hải quan Bình Định có phải tiếp tục thực hiện hay dừng Kế hoạch kiểm tra số 1618/KH-HQCKQN nêu trên đối với 2 DN còn lại hay không?

Trả lời vấn đề này, Tổng cục Hải quan cho biết, từ ngày Thông tư số 39/2018/TT-BTC có hiệu lực (5/6/2018), đối với các trường hợp kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế đề nghị Cục Hải quan Bình Định thực hiện theo quy định tại khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 143 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Các trường hợp chưa tiến hành kiểm tra sau hoàn thuế từ ngày 5/6/2018, lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo chuyển hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau cho Chi cục Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) thực hiện.

Đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố không có Chi cục KTSTQ thì Cục trưởng tổ chức thực hiện KTSTQ hoặc phối hợp với Cục KTSTQ để thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế.

Bên cạnh đó, trả lời về thủ tục tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế quy định trong trường hợp kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế đủ điều kiện hoàn thuế, Tổng cục Hải quan cho biết, hiện tại sau khi có Quyết định hoàn thuế, công chức xử lý hồ sơ hoàn thuế sẽ cập nhật Quyết định hoàn thuế lên hệ thống kế toán tập trung. Tuy nhiên hiện nay Hệ thống VNACC/VCISS chưa hỗ trợ việc cập nhật kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế đủ điều kiện hoàn thuế.

Vì vậy, Tổng cục Hải quan đang nghiên cứu để bổ sung chức năng này vào chương trình miễn, giảm, hoàn điện tử đang được Tổng cục Hải quan xây dựng.