Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan cảng Cái Lân, Cục Hải quan Quảng Ninh. Ảnh: T.Trang.

Sửa cách thức và thủ tục miễn thuế

Trước đây theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC đối với hàng hóa NK thuộc các trường hợp phải đăng ký danh mục miễn thuế thì chủ dự án phải đăng ký Danh mục miễn thuế với cơ quan Hải quan. Tuy nhiên, hiện nay theo quy định tại Điều 17 Luật thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13 thì người nộp thuế (chủ dự án) không phải thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa NK miễn thuế mà chỉ phải thực hiện thủ tục Thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến NK với cơ quan Hải quan.

Về thủ tục, trước đây người nộp thuế được đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế bản giấy hoặc Danh mục miễn thuế điện tử với cơ quan Hải quan. Hiện nay, theo quy định tại khoản 3 Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP người nộp thuế phải thông báo Danh mục miễn thuế cho cơ quan Hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hoặc bản giấy cho cơ quan Hải quan trước khi NK lô hàng đầu tiên.

Về hồ sơ phải nộp: Điều 16 Thông tư 39/2018/TT-BTC đã sửa đổi bổ sung các chứng từ phải nộp trong trường hợp thông báo Danh mục hàng hóa dự kiến NK với cơ quan Hải quan.

Trước đây, quy trình miễn thuế ban hành kèm theo Quyết định 1966/2015/QĐ-TCHQ chỉ xử lý được 3 trường hợp gồm: Danh mục miễn thuế bản giấy/Tờ khai NK bản giấy; Danh mục miễn thuế bản giấy/Tờ khai NK điện tử; Danh mục miễn thuế điện tử/tờ khai NK điện tử. Như vậy, chưa có quy định đối với trường hợp Danh mục miễn thuế điện tử/Tờ khai NK bản giấy.

Vì vậy, để đảm bảo căn cứ pháp lý trong quá trình thực hiện đồng thời nhằm xử lý các vướng mắc phát sinh trong thực tế thì cần phải sửa đổi bổ sung các quy định của quy trình miễn thuế ban hành kèm theo quyết định 1966/QĐ-TCHQ của Tổng cục Hải quan để đảm bảo phù hợp với quy định tại Luật thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13, Nghị định 134/2016/NĐ-CP, Thông tư 39/2018/TT-BTC.

Theo đó, Quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế ban hành theo Quyết định 1919/QĐ-TCHQ đã sửa đổi trình tự tiếp nhận, phân công xử lý hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hóa NK miễn thuế thành trình tự thông báo Danh mục hàng hóa NK miễn thuế; Sửa đổi thủ tục tiếp nhận Thông báo Danh mục hàng hóa NK miễn thuế; Bổ sung một số hướng dẫn về sửa đổi, điều chỉnh Danh mục miễn thuế; Bổ sung hướng dẫn đối với trường hợp Danh mục miễn thuế điện tử nhưng tờ khai NK bản giấy; Sửa đổi các nội dung về kiểm tra hồ sơ miễn thuế trong thông quan; xử lý hồ sơ miễn thuế; Kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa NK miễn thuế.

Hướng dẫn chi tiết các trường hợp hoàn thuế, không thu thuế

Thời gian qua, trong quá trình áp dụng quy trình hoàn thuế không thu thuế ban hành kèm theo Quyết định 1780/QĐ-TCHQ ngày 17/6/2016 của Tổng cục Hải quan, hải quan một số tỉnh thành phố phản ánh đang có một số tồn tại, hạn chế trong quá trình xử lý hoàn thuế, không thu thuế.

Cụ thể, quy trình ban hành kèm theo Quyết định 1780/QĐ-TCHQ đang ghép chung nghiệp vụ hoàn thuế với nghiệp vụ không thu thuế. Do đó trong thời gian qua, các chi cục hải quan khi thực hiện nghiệp vụ không thu thuế gặp khó khăn khi phải tra cứu đối chiếu với nhiều văn bản khác nhau để xác định trước khi ban hành quyết định không thu thuế thì cơ quan Hải quan có hay không thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế.

Bên cạnh đó, quy trình cũ chưa hướng dẫn nghiệp vụ xử lý tiền thuế nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn thuế; chưa hướng dẫn rõ các trường hợp hàng hóa XK, NK cơ quan Hải quan ban hành quyết định không thu thuế do không phải nộp thuế; không thu thuế đối với trường hợp được hoàn thuế nhưng người nộp thuế chưa nộp thuế; Chưa hướng dẫn về các trường hợp cùng một lô hàng XK/NK vừa phát sinh nghiệp vụ hoàn thuế vừa phát sinh nghiệp vụ không thu thuế; Chưa có quy định đối với các hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì sau khi hoàn thuế việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được tiến hành theo trình tự thủ tục nào? cấp nào thực hiện?

Xuất phát từ thực tế nêu trên, Tổng cục Hải quan đã sửa đổi, bổ sung quy trình hoàn thuế, không thu thuế nhằm đảm bảo xử lý hết các tình huống phát sinh trên thực tế.

Cụ thể, tại Quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế ban hành theo Quyết định 1919/QĐ-TCHQ đã hướng dẫn riêng về nghiệp vụ hoàn thuế, nghiệp vụ không thu thuế để các đơn vị dễ tra cứu trong quá trình tổ chức thực hiện.

Hướng dẫn nghiệp vụ xử lý tiền thuế sau khi ban hành quyết định hoàn thuế bao gồm: Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác bao gồm cả tiền phí, lệ phí với cơ quan Hải quan; Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác bao gồm cả tiền phí, lệ phí với cơ quan Hải quan. Hướng dẫn rõ về cách thức thực hiện đối với trường hợp người nộp thuế có yêu cầu bù trừ/không yêu cầu bù trừ giữa số tiền được hoàn với số tiền còn đang nợ cơ quan Hải quan.

Cùng với đó, quy trình mới cũng hướng dẫn rõ các trường hợp cơ quan Hải quan ban hành quyết định không thu thuế, bao gồm: Không thu thuế XK đối với hàng hóa NK nhưng tái xuất ra nước ngoài hoặc XK vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan. Không thu thuế NK đối với hàng hóa XK phải tái nhập trở lại Việt Nam.

Hướng dẫn rõ không thu thuế đối với các trường hợp hoàn thuế nhưng người nộp thuế chưa nộp thuế, bao gồm 5 trường hợp:

Không thu thuế XK đối với hàng hóa XK được bảo lãnh tiền thuế XK của các tổ chức tín dụng nhưng phải tái nhập trong thời hạn bảo lãnh quy định tại Điều 33 Nghị định 134/2016/NĐ-CP;

Không thu thuế NK đối với hàng NK được bảo lãnh số tiền thuế NK nhưng phải tái xuất trong thời hạn bảo lãnh quy định tại Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP;

Không thu thuế NK đối với máy móc thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của tổ chức cá nhân được phép tạm nhập được bảo lãnh số tiền thuế NK nhưng đã tái xuất trong thời hạn bảo lãnh quy định tại Điều 35 Nghị định 134/2016/NĐ-CP;

Không thu thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất kinh doanh nhưng đã XK sản phẩm trong thời hạn bảo lãnh của tổ chức tín dụng quy định tại Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP;

Không thu thuế đối với hàng hóa XK, NK được bảo lãnh của tổ chức tín dụng nhưng XK, NK ít hơn quy định tại Điều 37 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Quy trình mới cũng hướng dẫn về trường hợp cùng một lô hàng XK/NK vừa phát sinh nghiệp vụ hoàn thuế vừa phát sinh nghiệp vụ không thu thuế.