Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Thái Nguyên, Cục Hải quan Bắc Ninh. Ảnh: T.TRANG.

Theo quy định của Luật thuế XK, thuế NK số 45/2005/QH11, Nghị định 87/2010/NĐ-CP thì hàng hóa XK, NK đang trong quá trình giám sát của cơ quan Hải quan nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan có thẩm quyền giám định, chứng nhận thì được xét giảm thuế tương ứng với tỷ lệ tổn thất của hàng hóa. Tuy nhiên, tại Điều 18 Luật thuế XK, NK số 107/2016/QH13, Điều 32 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì đối tượng xét giảm thuế trước đây nay thuộc đối tượng giảm thuế (trước đây quy định thuộc đối tượng xét giảm thuế).

Bên cạnh đó, về thẩm quyền giảm thuế, tại Nghị định 87/2010/NĐ-CP quy định thẩm quyền giảm thuế là cơ quan Hải quan (không quy định cấp nào), theo quy định tại Điều 113 Thông tư 38/2015/TT-BTC thì thẩm quyền xét giảm thuế là Chi cục trưởng Chi cục Hải quan. Tuy nhiên, theo quy định tại Điều 32 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì thẩm quyền giảm thuế được phân thành 2 trường hợp như sau: Trường hợp 1 nếu người nộp thuế nộp hồ sơ giảm thuế cho cơ quan Hải quan tại thời điểm làm thủ tục hải quan thì thẩm quyền giảm thuế là Chi cục trưởng Chi cục Hải quan. Trường hợp 2 nếu người nộp thuế nộp hồ sơ giảm thuế sau thời điểm làm thủ tục hải quan thì Tổng cục Hải quan trình Bộ Tài chính quyết định giảm thuế. Do đó, quy trình cần sửa đổi theo hướng chia rõ 2 trường hợp nêu trên để cơ quan Hải quan có căn cứ thực hiện trên thực tế.

Một vướng mắc nữa cũng phát sinh trong quá trình xét giảm thuế, đó là theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 32 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ sau thời điểm làm thủ tục hải quan, Cục Hải quan có trách nhiệm lập hồ sơ, kiểm tra thông tin, thẩm định tính chính xác, đầy đủ của hồ sơ và gửi Tổng cục Hải quan trình Bộ Tài chính quyết định giảm thuế.

Quy định này dẫn đến cách hiểu Nghị định quy định Bộ Tài chính quyết định giảm thuế thì Bộ Tài chính phải ký ”Quyết định giảm thuế” chứ không phải dưới hình thức ”văn bản đồng ý giảm thuế”. Hồ sơ giảm thuế nộp hồ sơ sau thời điểm làm thủ tục hải quan nếu Bộ Tài chính ban hành Quyết định giảm thuế thì phải chuyển toàn bộ hồ sơ gốc về Tổng cục Hải quan để kiểm tra, xem xét trước khi trình Bộ Tài chính quyết định sẽ phát sinh thêm thủ tục hành chính. Mặt khác, hiện nay Bộ Tài chính cũng không có đơn vị chuyên trách để thẩm định hồ sơ giảm thuế trước khi trình Bộ ký quyết định giảm thuế.

Một vướng mắc khác đó là thời hạn ban hành hành quyết định giảm thuế. Tại Nghị định 87/2010/NĐ-CP không quy định thời hạn ban hành quyết định giảm thuế, trong khi đó, Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định thời hạn ban hành quyết định giảm thuế là 40 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ. Do đó, quy trình cần bổ sung thời hạn ban hành quyết định giảm thuế để cơ quan Hải quan thực hiện đúng trong thời hạn quy định.

Xuất phát từ việc thay đổi về chính sách thuế và quản lý thuế đối với các trường hợp giảm thuế như trên, cần thiết phải sửa đổi quy trình giảm thuế ban hành kèm theo Quyết định 1780/QĐ-TCHQ của Tổng cục Hải quan để đảm bảo phù hợp với quy định của Luật Thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13 và Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Do đó, để tránh phát sinh vướng mắc trong quá trình thực hiện Tổng cục Hải quan đã sửa đổi theo hướng: Đối với các trường hợp nộp hồ sơ giảm thuế sau thời điểm làm thủ tục hải quan cục hải quan tỉnh, thành phố lập hồ sơ, kiểm tra thông tin, thẩm định tính chính xác, đầy đủ của hồ sơ gửi Tổng cục Hải quan để trình Bộ Tài chính xem xét chấp thuận giảm thuế bằng văn bản. Sau khi nhận được văn bản giảm thuế của Bộ Tài chính thì chi cục hải quan phát sinh số tiền thuế đề nghị giảm sẽ ban hành Quyết định giảm thuế.

Cụ thể, Quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế ban hành theo Quyết định 1919/QĐ-TCHQ đã hướng dẫn rõ các nội dung: Tiếp nhận và xử lý hồ sơ giảm thuế trong thông quan/Kiểm tra thực tế hàng hóa bị thiệt hại/xử lý hồ sơ giảm thuế áp dụng đối với trường hợp giảm thuế thuộc thẩm quyền của chi cục hải quan

Trong khâu tiếp nhận và xử lý hồ sơ giảm thuế sau thông quan quy định rõ trách nhiệm của chi cục hải quan nơi phát sinh tờ khai có số tiền thuế được giảm/trách nhiệm của cục hải quan tỉnh, thành phố trong việc rà soát thẩm định tính chính xác của hồ sơ giảm thuế báo cáo Tổng cục Hải quan/Trách nhiệm của Tổng cục Hải quan trong việc thẩm định báo cáo Bộ Tài chính xem xét quyết định giảm thuế.

Bên cạnh đó, quy trình mới cũng xử lý số tiền thuế sau khi ban hành quyết định giảm thuế: quy trình đã hướng dẫn nghiệp vụ xử lý tiền thuế sau khi ban hành quyết định giảm thuế thuế bao gồm: Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác bao gồm cả tiền phí, lệ phí với cơ quan hải quan; Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác bao gồm cả tiền phí, lệ phí với cơ quan hải quan; Hướng dẫn rõ về cách thức thực hiện đối với trường hợp người nộp thuế có yêu cầu bù trừ/không yêu cầu bù trừ giữa số tiền được hoàn với số tiền còn đang nợ cơ quan Hải quan.