Hoạt động nghiệp vụ hải quan tại Chi cục Hải quan Thái Nguyên, Cục Hải quan Bắc Ninh. Ảnh: T.Trang.

Theo phản ánh của Hải quan Hải Phòng và Quảng Ninh, trường hợp hàng hóa khai báo theo giá tạm tính nhưng thời điểm có giá chính thức sau 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, khi kiểm tra trị giá chính thức cơ quan Hải quan có nghi vấn về trị giá khai báo, tuy nhiên, thời hạn tham vấn và xử lý kết quả tham vấn không nằm trong thời hạn quy định tại khoản 14 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Theo 2 đơn vị này đề xuất, thời gian tiến hành tham vấn và xử lý kết quả tham vấn đối với các lô hàng tạm giải phóng chờ giá chính thức tối đa là 30 ngày kể từ ngày có giá chính thức.

Bên cạnh đó, trong quá trình thực hiện hoàn thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 63, 64, 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC đã phát sinh các vướng mắc đối với việc xử lý số tiền thuế được hoàn do hầu hết các DN còn nợ lệ phí của các Chi cục Hải quan trên toàn quốc, nhưng DN lại không đề nghị bù trừ.

Việc hoàn thuế nộp thừa tại tiết b.2 điểm 2 khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC quy định đối với trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền lệ phí nhưng không đề nghị bù trừ thì cơ quan Hải quan thực hiện xử lý theo quy định tại điểm b.1 khoản này và thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 28/TBBT/TXNK tại Phụ lục VII ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Tuy nhiên, đối với DN có số lượng tờ khai nợ lệ phí nhiều và phát sinh tại các Chi cục Hải quan khác nhau trên toàn quốc thì việc ghi đầy đủ các thông tin trên Lệnh hoàn trả là khó thực hiện vì trên hệ thống của cơ quan Hải quan không có các thông tin cần ghi trên Lệnh hoàn (Ví dụ: Mã cơ quan Hải quan và Kho bạc Nhà nước nơi thu ngân sách) dẫn đến việc không đảm bảo được thời hạn thực hiện hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm 3 khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC và hồ sơ sẽ bị ùn tắc không xử lý được.

Do việc nợ lệ phí của các DN đã diễn ra trong nhiều năm, vì vậy để giải quyết dứt điểm việc nợ lệ phí này cần có hướng dẫn các biện pháp xử lý cụ thể để thực hiện có hiệu quả.

Hướng dẫn xử lý vướng mắc này, Tổng cục Hải quan cho biết, đối với hàng hóa khai báo theo giá tạm tính, khi kiểm tra trị giá chính thức, cơ quan Hải quan (công chức kiểm tra tiếp nhận tờ khai bổ sung sau thông quan) có nghi vấn về trị giá khai báo thì không thực hiện tham vấn mà thực hiện kiểm tra theo quy định tại điểm b.2 khoản 1 Điều 17 Thông tư số 39/2015/TT-BTC.

Theo đó, đề nghị yêu cầu DN nộp hết phí đã nợ. Nếu DN không nộp thì cơ quan Hải quan xử lý bù trừ số tiền thuế nộp thừa vào số tiền phí còn nợ.

Đối với phí phát sinh còn phải nộp tại nhiều Chi cục Hải quan, đề nghị lập riêng lệnh hoàn trả kiêm bù trừ cho từng Chi cục Hải quan. Các thông tin về mã cơ quan Hải quan và Kho bạc Nhà nước nơi thu ngân sách đề nghị đơn vị tra cứu trên Dịch vụ công tại trang web trực tuyến của Tổng cục Hải quan.

Nếu DN có số lượng tờ khai nợ phí hải quan nhiều, đề nghị trên lệnh hoàn trả kiêm bù trừ ghi rõ: Số tờ khai 10 chữ số 9, ngày tờ khai là ngày lập lệnh hoàn trả kiêm bù trừ.