Để đảm bảo các đơn vị hải quan đia phương triển khai vận hành Hệ thống MGH thông suốt, đại diện Cục Thuế XNK cho rằng, trong trường hợp DN, người nộp thuế chọn nhầm phân loại hồ sơ hoàn thuế, hoặc Hệ thống MGH tự động phân loại không phù hợp, thì sau khi tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế CBCC xử lý hồ sơ thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a.2.2 khoản 1 Điều 17 Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ.

Công chức Hải quah Ninh Bình rà soát dữ liệu về doanh nghiệp. Ảnh: H.Nụ

Theo đó, công chức xử lý hồ sơ thực hiện điều chỉnh kết quả phân loại hồ sơ trên Hệ thống, chuyển lãnh đạo bộ phận, lãnh đạo đơn vị phê duyệt và phản hồi kết quả cho người nộp thuế. Trường hợp DN, người nộp thuế không đính kèm đầy đủ các chứng từ bắt buộc trong bộ hồ sơ hoàn thuế thì Hệ thống MGH thiết kế theo hướng cảnh báo cho người nộp thuế biết và chưa tiếp nhận hồ sơ này.

Đối với hồ sơ trong quá trình thực hiện nhầm lẫn thao tác như ra quyết định không thu thuế nhưng công chức chọn nhầm và không được quyền chỉnh sửa, dẫn đến hồ sơ bị treo trên hệ thống, theo Cục Thuế XNK, trong quá trình thực hiện, công chức xử lý hồ sơ đề xuất kết quả xử lý chưa chính xác (ví dụ: chọn nhầm “hồ sơ không thuộc diện ra quyết định không thu thuế”) và đã chuyển lên lãnh đạo bộ phận hoặc lãnh đạo đơn vị để phê duyệt thì lãnh đạo bộ phận hoặc lãnh đạo đơn vị có thể yêu cầu xử lý lại trên màn hình phê duyệt để cán bộ thay đổi đề xuất. Trường hợp lãnh đạo đơn vị đã phê duyệt đề xuất xử lý hồ sơ của công chức thì Hệ thống MGH không cho phép điều chỉnh kết quả đã phê duyệt.

Cũng theo Cục Thuế XNK, Hệ thống MGH được thiết kế theo hướng công chức xử lý hồ sơ có thể tải file quyết định đính kèm trên Hệ thống để xem lại. Đặc biệt, Hệ thống MGH thiết kế theo hướng cho phép công chức xử lý hồ sơ tra cứu những hồ sơ được phân công xử lý; lãnh đạo đơn vị được phân quyền tra cứu, theo dõi trạng thái của tất cả hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa của đơn vị tiếp nhận và xử lý.

Ngoài ra, theo hướng dẫn tại Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục Hải quan thì sau khi được phân công xử lý hồ sơ trên Hệ thống MGH, công chức xử lý hồ sơ thực hiện đề xuất phương án xử lý trên Hệ thống MGH chuyển lãnh đạo bộ phận, lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Trường hợp Hệ thống MGH gặp sự cố, thì cơ quan Hải quan tiếp nhận và xử lý hồ sơ giấy. Khi xử lý hỗ sơ giấy, công chức xử lý lập tờ trình theo mẫu số 01/TT-TXNK ban hành kèm theo Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ và yêu cầu DN thực hiện theo hướng dẫn.

Đại diện Cục Thuế XNK nhấn mạnh, về căn cứ pháp lý trên mẫu quyết định miễn, giảm, hoàn chưa cập nhật kịp thời do Hệ thống MGH được xây dựng, thiết kế bởi tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 và các văn bản hướng dẫn đang có hiệu lực. Trong đó, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH13 và các văn bản hướng dẫn có hiệu lực từ ngày 1/7/2020; Nghị định 18/2021/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều Nghị định 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 25/4/2021 nên Hệ thống MGH chưa cập nhật các căn cứ pháp lý hiện hành.