Hướng dẫn thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan Thống Nhất, Cục Hải quan Đồng Nai.

Theo Tổng cục Hải quan, căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13, thì: "Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó";

Cụ thể về thuế GTGT, tại khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 thì nguyên liệu NK để sản xuất, gia công hàng hoá XK theo hợp đồng sản xuất, gia công XK ký kết với bên nước ngoài thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT;

Và tại khoản 3 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13, thì: "Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa NK để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan";

Bên cạnh đó, theo quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ, thì: "Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa NK sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn";

Căn cứ điểm d1 khoản 2 Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, thì: "Người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng của số lượng nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất hàng xuất khẩu còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất sản phẩm nhưng chưa xuất khẩu sản phẩm trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 59 Thông tư này. Trường hợp đã nộp thuế giá trị gia tăng trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì khi thực tế xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư NK, người nộp thuế được hoàn lại tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng (nếu có) theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư này";

Liên quan đến vấn đề này, tại công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính về hoàn trả thuế GTGT hàng NK nộp nhầm, nộp thừa, Bộ Tài chính đã hướng dẫn:

Đối với tờ khai XK trước ngày 1/7/2016: Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan nhưng chưa được cơ quan Thuế hoàn (hoặc đã nộp Ngân sách Nhà nước số tiền thuế thu hồi theo quyết định truy thu của cơ quan thuế) thì cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT đối với hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan, số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Thuế hoàn thì cơ quan Thuế không thực hiện thu hồi số tiền thuế GTGT đã hoàn.

Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK với cơ quan Thuế nhưng chưa được hoàn thì cơ quan Thuế hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh lại số thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK và không tính tiền chậm nộp trong trường hợp kê khai điều chỉnh giảm với cơ quan thuế số thuế GTGT đầu vào đã nộp tại khâu NK.

Người nộp thuế chủ động rà soát số thuế GTGT của hàng hóa NK để sản xuất XK đã kê khai thuế GTGT đầu vào khâu NK với cơ quan Thuế, số thuế GTGT đã được cơ quan Thuế ban hành quyết định hoàn thuế, số thuế GTGT đã nộp theo quyết định thu hồi hoàn của cơ quan Thuế, tổng hợp chi tiết đề nghị cơ quan Hải quan hoàn thuế GTGT theo trường hợp hoàn nộp thừa thuế GTGT tại khâu NK.

Trên cơ sở kiến nghị của người nộp thuế, cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan phối hợp với người nộp thuế để xác định chi tiết theo từng tờ khai NK về số tiền thuế GTGT đã nộp cho cơ quan Hải quan; số tiền thuế GTGT đã được cơ quan thuế hoàn, số tiền thuế GTGT còn lại chưa được hoàn; số tiền thuế GTGT đề nghị cơ quan Hải quan tiếp tục hoàn.

Đối với các tờ khai XK phát sinh từ ngày 1/7/2016 trở đi, việc xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa NK sau đó XK (bao gồm cả hàng hóa NK để sản xuất XK) thực hiện theo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/20Ỉ6/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính và các văn bản hướng dẫn sửa đổi, bổ sung.