Tuy nhiên, xét trên thực tế, đúng là hình thức này còn nhiều bất cập. Trước hết không thể không kể đến việc tính giá đất giao cho nhà đầu tư, gọi là trả tiền sử dụng đất, trên nguyên tắc tính tại thời điểm có quyết định giao đất. Thế nhưng quyết định giao đất ấy bình thường tính tại thời điểm giao đất là đúng, nhưng riêng BT lại khác. BT có 2 loại đất, loại đất làm hạ tầng và đất đem đổi nên phải có quy trình định giá khác nhau. Nếu là đất giao làm hạ tầng, Nhà nước giao nhà đầu tư làm hạ tầng thì không quan tâm đến giá trị đất đai vì đó là hạ tầng của Nhà nước trên đất của Nhà nước. Còn đất đem đổi, phải có quy trình tính rất cụ thể, tính giá trị lúc nào. Về chuyện đổi bao nhiêu đất để lấy hạ tầng tương xứng, có địa phương đổi hơn 100 ha đất chỉ lấy vài km đường là bởi vì trước đây không ai giám sát bao nhiêu đất thì vừa với hạ tầng này. Trong Luật Quản lý, sử dụng tài sản công đã có quy định, hạ tầng hoàn thành rồi thì phải được định giá và kiểm toán, để xác định đúng giá trị của hạ tầng đã hoàn thành. Đất đem đổi cũng phải định giá ngang thị trường.

Nhiều chuyên gia cho rằng cần đánh giá hạ tầng nào cần thiết mà ngân sách không có tiền đầu tư thì mới dùng BT, nếu áp dụng bừa bãi sẽ mất hết đất. Bởi vì đất đã đem đổi thì nhà đầu tư được sử dụng lâu dài và chỉ có nhà đầu tư là hưởng lợi. Nguyên tắc của việc này phải xác định rõ, so sánh lợi ích khi thực hiện BT, nếu lợi ích trừ chi phí của BT cao hơn thì lúc ấy mới cho làm BT. Hoặc trong trường hợp dứt khoát phải đầu tư cơ sở hạ tầng nhưng không bố trí được ngân sách thì mới thực hiện BT. Bên cạnh đó, tính giá trị hạ tầng, đất đai ra sao thì phải xét đến việc hạ tầng đem đổi làm giá đất xung quanh tăng lên thì chênh lệch phải thuộc về Nhà nước thay vì “rơi” vào túi nhà đầu tư. Một điểm rất quan trọng nữa cần quan tâm là đất đem đổi không phải muốn làm gì thì làm, mục đích sử dụng của đất đó phải được quản lý chặt chẽ.

Thực tế, những bất cập nảy sinh có nguyên nhân do quy định chưa chặt chẽ. Vấn đề thanh toán tài sản công cho dự án BT trước đây chỉ được quy định tại một phần của Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư công. Vừa qua, một số điểm được quy định chặt chẽ hơn trong Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, chủ yếu ở phần định giá. Tuy nhiên câu chuyện về BT còn nhiều, như: Khi nào được làm BT, đất đem đổi làm gì, quản lý BT có như các đất khác được giao hay không...? Những câu hỏi này cần được các cơ quan chức năng xem xét để có chế tài bao quát.