Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan cảng Cái Lân, Cục Hải quan Quảng Ninh. Ảnh: T.Trang.

Theo phản ánh của một số hải quan tỉnh, thành phố, hiện nay đang phát sinh trường hợp DN đã đăng ký tờ khai nhưng chưa thông quan hoặc giải phóng hàng và hàng hóa đang còn trong sự giám sát của cơ quan Hải quan, Hệ thống VNACCS đã xuất thông báo thuế (số thuế phải thu) cập nhật vào hệ thống kế toán tập trung, tuy nhiên sau đó DN lại có công văn xin hủy tờ khai hoặc chưa nhận hàng. Do tờ khai đã hoàn thành thủ tục hải quan nhưng DN chưa nộp thuế (chưa hoàn thành nghĩa vụ về thuế) nên hệ thống tự chuyển sang trạng thái nợ quá hạn hoặc quá hạn cưỡng chế. Điều này đã gây khó khăn cho DN khi đăng ký mở các tờ khai cho các lô hàng tiếp theo.

Để xử lý nợ đối với các trường hợp này, Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan đang nghiên cứu cấu hình hệ thống chỉ lập danh sách các tờ khai nợ thuế, tờ khai nợ thuế quá hạn cưỡng chế không cho làm thủ tục hải quan đối với tờ khai hải quan đã được thông quan hoặc giải phóng hàng trên hệ thống kế toán tập trung (không bao gồm các tờ khai chưa thông quan, giải phóng hàng).

Theo đó, trong thời gian chờ Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan xây dựng chức năng này, Tổng cục Hải quan đã có hướng dẫn các cục hải quan tỉnh, thành phố xử lý nợ đối với số tiền thuế của các tờ khai này trên hệ thống kế toán tập trung.

Cụ thể, trường hợp tờ khai đủ điều kiện được hủy thì thực hiện các bước hủy tờ khai và giảm số thuế phải thu đã được quy định tại Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK ban hành kèm theo Quyết định 1966/QĐ-TCHQ ngày 10/7/2015 của Tổng cục Hải quan.

Trường hợp không thuộc một trong các trường hợp được hủy theo quy định tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, hoặc hệ thống kế toán tập trung đã ra thông báo thuế nhưng DN chưa nhận hàng (hàng hóa đang trong sự giám sát của cơ quan Hải quan) thì số tiền nợ thuế trên chưa phải là nợ.

Do vậy, các đơn vị yêu cầu công chức thừa hành xử lý các bước trên hệ thống kế toán tập trung như sau:

Bước 1: công chức căn cứ tình hình thực tế của tờ khai đang đề nghị hủy hoặc còn chịu sự giám sát của cơ quan Hải quan, lập phiếu đề xuất báo cáo lãnh đạo chi cục hải quan nơi phát sinh nợ của tờ khai xin hủy hoặc tờ khai chưa được thông quan, giải phóng hàng (trong phiếu đề xuất ghi rõ nguyên nhân xin hủy của tờ khai hoặc trạng thái của lô hàng) để báo cáo lãnh đạo chi cục xác định số nợ thuế của các tờ khai trên chưa thuộc danh sách tờ khai nợ thuế và được phép xử lý trên hệ thống kế toán tập trung đối với số tiền thuế của tờ khai này không thuộc danh sách nợ thuế.

Bước 2: Căn cứ đề xuất của công chức, lãnh đạo chi cục xem xét và phê duyệt xác định số nợ thuế của tờ khai xin hủy hoặc tờ khai chưa được thông quan, giải phóng hàng chưa thuộc danh sách tờ khai nợ thuế thì được phép xử lý trên hệ thống kế toán tập trung.

Bước 3: Sau khi lãnh đạo chi cục phê duyệt số tiền nợ thuế của các tờ khai chưa thuộc danh sách nợ thuế, công chức thao tác trên hệ thống kế toán tập trung, tại chức năng 2.F.2 “sửa chứng từ điều chỉnh ân hạn” điều chỉnh thời hạn nộp thuế của số nợ tờ khai này chưa thuộc danh sách nợ thuế, đảm bảo không ảnh hưởng đến việc mở tờ khai của các lô hàng tiếp theo.