Theo quy định, các giao dịch mua bán có giá trị trên 200.000 đồng thì cá nhân, DN kinh doanh phải có trách nhiệm xuất hóa đơn cho người mua (thuế GTGT 10%). Đây thuế gián thu, được cấu thành trong giá cả hàng hóa và dịch vụ, người tiêu dùng là người cuối cùng chịu thuế. Tuy nhiên nhiều cửa hàng vẫn tính thuế 10% cho người tiêu dùng sau mỗi lần giao dịch, nhưng lại "lờ" đi việc xuất hóa đơn. Chưa kể, việc không xuất hóa đơn đồng nghĩa với việc gian lận doanh thu, vô hình trung các đơn vị kinh doanh này lại cố tình gian lận thuế Thu nhập DN. Không chỉ riêng lĩnh vực kinh doanh ăn uống, khách sạn mà hầu hết các lĩnh vực kinh doanh hàng hóa, dịch vụ đến tay người tiêu dùng đều tồn tại tình trạng này.

Áp dụng hóa đơn điện tử là một bước tiến quan trọng trong công tác quản lý của ngành Thuế. Tiến tới thực hiện hóa đơn điện tử có mã xác thực, nghĩa là dữ liệu mua bán sẽ "chạy" thẳng đến kho dữ liệu của cơ quan Thuế lại là một bước tiến cao hơn. Khi đó, sẽ giải quyết triệt để những vấn nạn đang làm ngành Thuế đau đầu như: Việc bán hàng không xuất hóa đơn, xuất hóa đơn khống, sử dụng hóa đơn lòng vòng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT hoặc thanh toán tiền từ NSNN.

Mặc dù, hóa đơn điện tử có nhiều lợi ích kinh tế, tiết kiệm nhiều thời gian và chi phí cho DN, song do chưa có quy định bắt buộc nên hiện nay với tỷ lệ hóa đơn giấy vẫn là 91,8%, hóa đơn điện tử chỉ chiếm 8,2%. Sử dụng hóa đơn theo thói quen và dễ lách luật khiến nhiều DN "ngó lơ" với hóa đơn điện tử.

Nhiều lý do được đưa ra, trong đó có lý do được DN viện dẫn là hạ tầng công nghệ thông tin chưa thông suốt khiến DN còn chật vật. Tuy nhiên, nhìn vào số liệu kim ngạch XNK của Việt Nam năm 2016 là khoảng 360 tỷ USD được thực hiện thông qua gần 73.000 DN có hoạt động XNK. Với kim ngạch NK khoảng 150 tỷ USD/năm với 5,04 triệu tờ khai hải quan NK, 4,69 triệu tờ khai hải quan XK và được khai toàn bộ bằng phương thức điện tử. 95-97% kim ngạch NK này là nguyên vật liệu đầu vào phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh trong nước.

Như vậy, tất cả các DN có hoạt động XNK đều đã thực hiện các thủ tục hải quan điện tử, thì không có lý do gì để không phổ cập hóa đơn điện tử.

Các giao dịch kinh tế đều được thực hiện bằng phương thức điện tử, là mục tiêu hướng tới của Chính phủ điện tử.