Thực tế, hiệu quả của hoạt động thanh, kiểm tra nhằm ngăn ngừa các hành vi tiêu cực, tham nhũng, lãng phí trong chi tiêu công ngày càng được nâng lên. Với hàng nghìn cuộc kiểm tra như thế, công tác thanh, kiểm tra đã góp phần phòng ngừa, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm chế độ, chính sách, tăng cường kỷ luật, đề cao trách nhiệm của các đơn vị trực thuộc. Thông qua kết quả thanh, kiểm tra, những sai phạm, tồn tại xảy ra trong các hoạt động nghiệp vụ được phát hiện để có những chấn chỉnh kịp thời.

Tuy nhiên, trong bối cảnh hiện nay, các đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước (NSNN) ngày càng được phân cấp nhiều hơn trong việc quyết định chi tiêu và sử dụng NSNN. Tuy nhiên, ở một số đơn vị tình trạng sử dụng quyền hạn trong quyết định chi tiêu NSNN chưa đi đôi với ý thức và trách nhiệm (việc chi sai nguyên tắc, chế độ vẫn xảy ra ở một số đơn vị và lĩnh vực). Vì vậy, việc Nhà nước giao cho hệ thống KBNN thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành sẽ góp phần vào việc giám sát hoạt động chi tiêu NSNN, uốn nắn chấn chỉnh kịp thời các sai phạm, đảm bảo chi tiêu ngân sách tiết kiệm, hiệu quả hơn.

Do đây là một chức năng mới nên hiện công tác này đang phải đối mặt với một số khó khăn, thách thức. Từ trước đến nay KBNN mới chỉ tập trung thanh tra, kiểm tra, kiểm toán trong nội bộ hệ thống KBNN, chưa thực hiện chức năng thanh tra đối với các đơn vị ngoài ngành KBNN. Do vậy, để thực hiện được chức năng mới, việc chuẩn bị các điều kiện, trong đó công tác về tổ chức nhân sự và lực lượng cho công tác thanh tra chuyên ngành cần phải được triển khai theo một lộ trình và kế hoạch rất chi tiết, cụ thể.

Bên cạnh đó, số lượng các đơn vị sử dụng ngân sách từ trung ương đến địa phương hiện tại là rất lớn và phân bố trên khắp các địa bàn tại các xã, phường, quận, huyện, tỉnh, thành phố trên toàn quốc. Qua đó có thể thấy, khối lượng công việc không hề nhỏ, một nhiệm vụ hết sức nặng nề, đòi hỏi cao về trình độ năng lực công chức, về trách nhiệm thực thi công vụ của cán bộ làm công tác thanh tra của hệ thống KBNN.

Mặt khác, hiện nay, các loại hình đơn vị sử dụng NSNN cũng rất đa dạng (có đơn vị NSNN được đảm bảo tài trợ 100%; có đơn vị NSNN chỉ tài trợ một phần; có đơn vị hoạt động đặc thù nên chi tiêu ngân sách được sử dụng từ nhiều nguồn hỗn hợp, lồng ghép hoặc có những khoản chi phải đảm bảo những nguyên tắc bí mật nhất định…), điều đó cũng đòi hỏi công chức làm công tác thanh tra chuyên ngành KBNN phải có kiến thức sâu rộng, am hiểu đầy đủ về các quy định của pháp luật.

Do đó, để phát huy được vai trò và hiệu quả của thanh tra chuyên ngành KBNN cần phải có sự thống nhất về nhận thức đối với hiệu quả của công tác công tác này cả ở các đơn vị sử dụng NSNN và các đơn vị KBNN. Hệ thống KBNN cũng cần đến sự quan tâm, ủng hộ và đồng thuận của các bộ, ngành, cấp ủy và chính quyền địa phương các cấp trong việc chỉ đạo các cơ quan, đơn vị, tổ chức thuộc và trực thuộc chấp hành kế hoạch thanh tra và cùng phối hợp thực hiện.