Theo các chuyên gia, công tác kiểm soát nội bộ tại các TCTD còn nhiều bất cập. Việc quản trị, quy định nội bộ cũng chưa được các TCTD ban hành đầy đủ, hoặc có ban hành nhưng lại chưa phù hợp với quy định hiện hành. Về quản lý rủi ro, đây là công tác rất quan trọng nhưng vẫn chưa được coi trọng, không chỉ cơ sở hạ tầng chưa đáp ứng mà nguồn nhân lực cũng còn nhiều hạn chế, trình độ chuyên môn còn yếu kém… Không những thế, việc kiểm toán nội bộ tại các TCTD vẫn còn thực hiện chưa đảm bảo khách quan, độc lập nên hiệu quả còn thấp.

Trong khi lãnh đạo Chính phủ và NHNN liên tục đưa ra yêu cầu các TCTD phải tiến lên tuân thủ theo tiêu chuẩn Basel II, với nguyên tắc cốt lõi của bộ tiêu chuẩn này lại luôn hướng về quy trình quản trị rủi ro, quản trị ngân hàng, trách nhiệm giám sát hoạt động của ban điều hành… Do vậy, khi nhiều ngân hàng trên thế giới đã thực hiện theo Basel III, các TCTD của Việt Nam mới đang tiệm cận, ứng dụng thử nghiệm theo Basel II là sự chậm trễ cần được đẩy nhanh.

Chính vì thế, việc quản trị, kiểm soát nội bộ các TCTD không còn là trách nhiệm của các TCTD mà phải được quy định thành điều luật, thành nghĩa vụ để các TCTD thực hiện, nhằm đảm bảo an toàn cho hoạt động của cả hệ thống và đảm bảo quyền lợi cho người gửi tiền.

Do đó, việc NHNN đưa ra dự thảo thông tư quy định về hệ thống kiểm soát nội bộ của TCTD nhằm thay thế cho Thông tư 44/2011/TT-NHNN về hệ thống kiểm soát nội bộ và kiểm toán nội bộ của TCTD sẽ là hành động đúng đắn và kịp thời, tạo khung khổ pháp lý đầy đủ, đồng bộ để minh bạch, làm lành mạnh hóa hoạt động của các TCTD hiện nay, nhất là khi môi trường kinh tế vĩ mô có nhiều biến động, tạo thành sức ép bắt buộc các TCTD cũng phải có những thay đổi cho phù hợp. Hơn nữa, quy định này cũng sẽ là công cụ nhằm nâng cao hiệu quả công tác thanh tra, giám sát của NHNN đối với các TCTD nhằm giảm bớt các sai phạm, khả năng tổn thất, nguy cơ mất khả năng thanh toán, đổ vỡ của hệ thống ngân hàng.