Các quy định pháp luật về thuế GTGT hiện hành và văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính đã có hướng dẫn cụ thể. Tại Điều 3 Luật số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật thuế; khoản 1 Điều 3 Nghị định 12/2015/NĐ-CP; khoản 2 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính thì: “Máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Trên cơ sở thống nhất với Bộ NN&PTNT, ngày 15/9/2015, Bộ Tài chính đã có các công văn số 12848/BTC-CST và 1677/BTC-TCT ngày 29/1/2016 hướng dẫn cục hải quan và cục thuế các tỉnh, thành phố về thuế GTGT đối với máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp.

Công chức Hải quan Tân Thanh kiểm tra mặt hàng máy móc NK. Ảnh: H.Nụ

Cũng theo điểm 2 công văn số 1677/BTC-TCT ngày 29/1/2016, Bộ Tài chính hướng dẫn: “Bộ NN&PTNT hoặc Sở NN&PTNT các tỉnh, thành phố xác nhận các máy, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp chưa được hướng dẫn tại khoản 2 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC, điểm 1 công văn số 12848/BTC-CST ngày 15/9/2015 thực hiện theo nguyên tắc: Máy, thiết bị và linh kiện đồng bộ để lắp ráp thành máy móc, thiết bị sử dụng trong nông nghiệp và không thể sử dụng cho mục đích khác là máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều 3 Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật thuế”.

Để đảm bảo việc xác nhận các máy, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp; linh kiện đồng bộ NK để lắp ráp máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp đúng đối tượng, làm cơ sở để xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 1901/TCHQ-TXNK ngày 4/5/2024 đề nghị Cục Kinh tế hợp tác và phát triển nông thôn (Bộ NN&PTNT) căn cứ nguyên tắc Bộ Tài chính hướng dẫn tại các văn bản nêu trên để thực hiện xác nhận đúng đối tượng.

Tổng cục Hải quan cho rằng, việc xác định linh kiện để lắp ráp máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp cần thực hiện theo đúng nguyên tắc đã hướng dẫn tại công văn số 12848/BTC-CST. Trường hợp các văn bản xác nhận Cục Kinh tế hợp tác và phát triển nông thôn chưa đúng với nguyên tắc Bộ NN&PTNT đã thống nhất với Bộ Tài chính và được hướng dẫn tại công văn số 1677/BTC-TCT và công văn số 12848/BTC-CST thì không đủ cơ sở để xác định hàng hoá thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại pháp luật về thuế GTGT.

Tổng cục Hải quan nhấn mạnh, pháp luật thuế GTGT hiện hành quy định: “Máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Theo đó, việc NK linh kiện để lắp ráp máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, đảm bảo yêu cầu xác định là “linh kiện đồng bộ” theo các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính thì thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Các trường hợp NK linh kiện không đảm bảo yêu cầu xác định là “linh kiện đồng bộ” theo các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính, phải kê khai nộp thuế GTGT theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

Liên quan đến kiến nghị trong việc ưu đãi thuế GTGT đối với trường hợp NK một phần linh kiện, phụ kiện cung cấp cho các DN nội địa có sử dụng linh kiện, phụ kiện còn lại được sản xuất trong nước để lắp ráp thành máy, thiết bị hoàn chỉnh chuyên dùng cho nông nghiệp, Tổng cục Hải quan đã chuyển kiến nghị của DN tới Cục Quản lý, giám sát chính sách thuế, phí và lệ phí (Bộ Tài chính) để nghiên cứu, báo cáo cấp có thẩm quyền quyết định.

Đối với các trường hợp đã phát sinh và việc thực thiện chính sách thuế GTGT trong thời gian tới, đề nghị DN thực hiện theo đúng quy định tại pháp luật về thuế GTGT và hướng dẫn của Bộ Tài chính đã nêu tại điểm 1 công văn này.