Trước thắc mắc của Công ty TNHH Van Der Leun Việt Nam liên quan đến việc hoàn thuế NK, theo Tổng cục Hải quan, căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định: “Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”.

Tại điểm d khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK quy định: “Hàng hóa là nguyên liệu, vật tư NK đã nộp thuế NK để sản xuất hàng hoá XK” thuộc trường hợp hoàn thuế.

Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Thái Bình (Cục Hải quan Hải Phòng). Ảnh: T.Bình

Ngoài ra, tại khoản 4 Điều 15 Nghị định 87/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định: “Hàng hóa NK để sản xuất hàng hóa XK hoặc xuất vào khu phi thuế quan nếu đã nộp thuế NK thì được hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế XK và không phải nộp thuế XK đối với hàng hóa XK có đủ điều kiện xác định là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu NK”.

Điều 117 Thông tư 128/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá NK để sản xuất hàng hoá XK ra nước ngoài hoặc XK vào khu phi thuế quan thực tế đã sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc đã XK ra nước ngoài, đã nộp thuế NK.

Điều 119 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định về hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá NK để sản xuất hàng hoá XK ra nước ngoài hoặc XK vào khu phi thuế quan thực tế đã sử dụng khu phi thuế quan hoặc đã XK ra nước ngoài, đã nộp thuế NK.

Cũng tại điểm d khoản 1 Điều 19 Luật Thuế XK, thuế NK và khoản 1 Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế NK đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm ra nước ngoài, hoặc XK vào khu phi thuế quan.

Ngoài ra, tại điểm 12 Công văn số 12166/BTC-TCHQ ngày 31/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “Đối với hàng hóa đã XK sản phẩm, đã tái xuất người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế không thu thuế theo quy định hiện hành”.

Tại STT31 phụ lục ban hành kèm theo Công văn số 11567/TCHQ-TXNK ngày 8/12/2016 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn: “Theo quy định tại Điều 21 Luật Thuế XK, thuế NK thì trường hợp hàng hóa NK để sản xuất hàng, hóa XK tại các tờ khai đăng ký trước ngày 1/9/2016 để được miễn thuế phải đáp ứng đồng thời 2 điều kiện: chưa XK sản phẩm và chưa nộp thuế. Trường hợp DN đã nộp thuế và đã XK sản phẩm thì thực hiện thủ tục hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế XK, thuế NK và các văn bản hướng dẫn thực hiện”.

Tổng cục Hải quan cho rằng, việc xử lý hoàn thuế của cơ quan Hải quan phải căn cứ vào quy định và hồ sơ cụ thể theo tình huống phát sinh của DN. Mặt khác, tại công văn gửi cơ quan Hải quan, Công ty TNHH Van Der Leun Việt Nam không nêu thời gian phát sinh tờ khai XNK hàng hóa mà chỉ nêu thời gian nộp thuế từ ngày 27/11/2014 đến ngày 12/8/2016. Công ty TNHH Van Der Leun Việt Nam cũng không nêu cụ thể các hồ sơ giấy tờ bị mất là những hồ sơ nào, dữ liệu gốc có được lưu giữ tại cơ quan Hải quan hay tại DN nên Tổng cục Hải quan chưa có cơ sở để trả lời cụ thể.

Tổng cục Hải quan đề nghị Công ty TNHH Van Der Leun Việt Nam căn cứ quy định và văn bản hướng dẫn nêu trên, đối chiếu thực tế tại DN và liên hệ với cơ quan Hải quan nơi phát sinh tờ khai XNK để được hướng dẫn thực hiện.